单细胞基因组学的兴起.doc

单细胞基因组学的兴起首先，所做的报告都是最新的研究，组织方特别强调，希望介绍尚未发表的研究进展。我们知道，当一篇文章发表出来了的时候，这个研究一般在一年之前就已经基本结束了。鼓励把正在进行中的项目拿出来讲，保证的这个会议的前沿性。现场的报告都有清晰的录像，考虑到许多的talk是未发表的工作，这些录像只有参会者才有权利看到。其次，会议有大量的讨论时间。由于当时测序的价格昂贵，并没有立刻开始广泛应用。随着二代测序的普及，单个基因组测序价格降到5000美元，单细胞测序迎来了迅猛发展的时刻。2012年，单细胞测序研究所发表的文献包括，华大基因两篇Cell文章上介绍的对上百个肿瘤单细胞基因组测序的分析， 斯坦福大学Stephen Quake在Cell上发表的对单个精子的测序， 哈佛的Sunny Xie实验室发表的两篇Science上的文章介绍一个新的单细胞测序技术， 还有Cold Spring Harbor的Jim Hicks在Nature上发表的对乳腺癌的单细胞CNV研究等。从文章的档次上可以看出，单细胞基因组学的势头相当强劲。 单细胞测序技术最常用的方法是MDA方法，这种方法的优点是对基因组的覆盖率高，缺点是扩增不均匀，比较适用于做SNP和mutation相关的研究。我实验室用这个方法做的单细胞的覆盖率在1X的深度下就达到了30%。 有意思的是这次会议中，有一半的talk是关于微流控技术的。原因是，微流控平台是公认的可以降低单细胞测序的噪声，使得基因组扩展更加均匀。同时微流控平台也适合于分离单细胞。最近Fluidigm出了一个C1的单细胞扩增仪器，现场几乎所有做单细胞的实验室都表示出了购买的兴趣，足见微流控技术的吸引力。单细胞测序最容易出现的问题是污染，一般建议是在专门的独立的超净间里进行，并且此超净间不应该做任何非单细胞的实验。 目前单细胞研究的主要应用领域包括肿瘤，循环肿瘤细胞，干细胞等。但有意思的是，现场的好几个报告都不约而同的做了同样东西，看来大家的想法都非常相近。看了本篇博文的博友如果有兴趣做单细胞基因组研究，请慎重，很有可能你的想法别人已经做到9成，接近发表了，我非常欢迎感兴趣的人和我讨论或者合作。 单细胞基因组技术是06年之后开始火起来的，已经应用到各个领域，植物细胞、微生物和动物细胞尤其是人体细胞。做这个东西有三个难点：第一，是单细胞的获取；第二，单细胞基因组的多重扩增；第三，就是高通量测序以及组装。 1. 梯度稀释：类似于微生物的纯培养手段，既繁琐也容易污染。 2.显微操控：在显微镜小用类似于注射器的装置分离单细胞，可操作性不好； 3. 流式细胞分拣：流式细胞分拣可以分离大量的同类型的细胞，也是在MDA技术出现之前最普遍使用的方法，现在也有很多实验室再使用。缺点仍然是对实验室净化要求极高，而且并不能实现完全意义上的单细胞测序。 4. 微流控芯片：就是博主所提到的最火的，这个技术的优点在于细胞分拣和单细胞的多重扩增可以在一张芯片上完成，而且依据芯片的设计，可以同时做多个细胞的扩增，就是传说中的芯片实验室（Lab on a Chip），扩增完成之后，收集扩增产物，检测扩增产物的扩增质量就可以做相应的测序准备了，剩下测序和组装的跟宏基因组测序类似。