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截至2008年6月，与迅速增长的庞大基因组核酸数据相反，已知三级结构的蛋白数量还不到6万个。（来自蛋白结构数据PDB的统计） 从待测蛋白质序列出发，搜索蛋白质结构数据库（如PDB,SWISS-PROT等），得到许多相似序列（同源序列），选定其中一个（或几个）作为待测蛋白质序列的模板； 待测蛋白质序列与选定的模板进行再次比对，插入各种可能的空位使两者的保守位置尽量对齐； 建模：调整待测蛋白序列中主链各个原子的位置，产生与模板相同或相似的空间结构，待测蛋白质空间结构模型； 利用能量最小化原理，使待测蛋白质侧链基团处于能量最小的位置。 同源建模法预测蛋白质三级结构一般由四步完成： SWISS-MODEL 蛋白质结构预测 SWISS-MODEL利用同源建模的方法实现对一段未知序列的三级结构的预测。该服务创建于1993年，开创了自动建模的先河，并且它是讫今为止应用最广泛的免费服务之一。//SWISS-MODEL.html First Approach mode(简捷模式） 这种模式提供一个简捷的用户介面：用户只需要输入一条氨基酸序列，服务器就会自动选择合适的模板。如果一条模板与提交的目标序列相似度大于25%，建模程序就会自动开始运行，结果以Email形式返回。 常用观看蛋白三级结构的软件 RasMol WPDB Cn3D 针对有关基因或转录组数据库的生物体或组织/细胞，建立其蛋白质组或亚蛋白质组及其蛋白质组连锁群，即组成性蛋白质组学研究。 以重要生命过程或人类重大疾病为对象，进行重要的生理/病理体系或过程的局部蛋白质研究，即比较蛋白质组学研究 。 蛋白质组学支撑技术平台或生物信息学研究。 四、蛋白质组学 部分医学科学重点研究领域 研究细胞的增殖、分化、异常转化、肿瘤形成等方面，涉及白血病、乳腺癌、结肠癌和神经母细胞瘤等重大疾病。 目前国内研究进展 重大疾病（如肝癌）、维甲酸诱导白血病细胞凋亡启动模型。 维甲酸定向诱导胚胎干细胞向神经系统分化的蛋白质组。 血清中筛选诊断重大疾病的标志物——人血清蛋白质组学。 各类肿瘤疾病形成过程中,参与信号转导通道的蛋白质组。 蛋白质工程的进展和前景 1、科学家通过对胰岛素的改造，已使其成为速效型药品。 2、生物和材料科学家正积极探索将蛋白质工程应用于微电子方面。 3、蛋白质工程目前成功的例子不多,原因是对蛋白质的高级结构了解不够。但随着科学技术的深入发展，它将会给人类带来更多的福音。 * /magazine/200210/021003.htm * 拉氏构象图，fai（大写Φ，小写φ小写φ），ψ怎么读啊? 希腊字母 读作: 普西 Ψ Psi(大写Ψ，小写ψ)，是第二十三个希腊字母。 * 离子键 及 盐键 氢键 疏水键 范德华力 * * * * /syx/pathology_0/sxzd/7.files/outline.htm 实例3:工业用酶 许多工业用酶是在改变天然酶的特性后，才使之适应生产和使用需要的。 在已研究过的几千种酶中，只有极少数可以应用于工业生产，绝大多数酶都不能应用于工业生产，这些酶虽然在自然状态下有活性，但在工业生产中没有活性或活性很低。这是因为工业生产中每一步的反应体系中常常会有酸、碱或有机溶剂存在，反应温度较高，在这种条件下，大多数酶会很快变性失活。提高蛋白质的稳定性是工业生产中一个非常重要的课题。一般来说，提高蛋白质的稳定性包括：延长酶的半衰期，提高酶的热稳定性，延长药用蛋白的保存期，抵御由于重要氨基酸氧化引起的活性丧失等。 蛋白质工程产物： 是自然界原本不存在的新的蛋白质。 2.4.1 设计目标的选择 蛋白质全新设计 功能设计、结构设计。 研究重点和难点 从结构设计出发，从蛋白质的二级结构开始，以摸索蛋白质结构的稳定性。 2.4 蛋白质的全新设计 常用的蛋白质设计思路 是否存在蛋白质多聚体状态；二级结构与预期目标是否吻合。 是否具有预定的三级结构。圆二色谱和核磁共振技术可用于研究蛋白质。 是否以单分子或多聚体形式存在。三级结构测定目前主要依靠荧光和核磁共振技术。体积排阻色谱法也可以用于判断分子体积大小、聚合体数目和蛋白质结构是处于无规则状态或三级结构等生化参数。 2.4.2 蛋白质设计技术与方法 2.4 蛋白质的全新设计 天然的锌指多肽 FSD-1多肽(从头设计) 蛋白质工程 分离纯化目标蛋白质。 分析目标蛋白质的一级结构；分析目标蛋白质的三维结构以及结构与功能的关系