PCR_DGGE在水处理微生物群落多样性分析中的应用.pdfVIP

化学与生物工程2 009, Vol. 2 6 No. 5 开发应用 55 Chemis try Bioengineering PCR2DGGE ,, ,,, (, 210094) : P R2DGGE , 。 P R2 DGGE 、, 。 : P R2DGGE;; ; : Q 939 :A :1672- 5425(2009)05- 0055- 05 生物处理方法已经成为最重要的水处理方法之 的聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳时, 电泳迁移率的差异 一。生物处理系统中 生物群落的种群结构分析和动 会使不同序列的DNA 片段停留在凝胶的不同位置, 态性分析对研究生物降解过程和污染物转化途径具有 形成相互分开的条带。只要选择的变性剂梯度、电泳 重要意义, 同时还能为优化处理工艺条件和提高处理 时间、温度等电泳条件足够精细, 理论上可分开仅有一 效率提供可靠的理论依据。传统的 生物群落种群结 个碱基差异的DNA 片段。 构分析方法主要有显 镜观察和分离培养、依据形态 P R2DGGE 研究 生物群落的步骤如图1所示。 结构特征和生理生化特性进行分类鉴定等。但这些方 法步骤繁琐、工作量大,难以模拟 生物生长繁殖的真 实条件, 不足以反映 生物环境中的真实情况, 而且对 于生理生化特性相似的菌株难以正确区别和鉴定, 存 [1,2] 在很大的局限性 。 [3] 1993 年, Muyzer 等 首次将P R2DGGE(Poly2 merase chain reaction2denaturing gradient gel electro2 phoresis)技术应用于 生物生态的研究, 这一指纹分 析技术的出现克服了传统培养技术的局限性。由于 P R2DGGE 具有可靠、方便快捷、重现性好等优点, 迅 1 PCR2DGGE 速成为 生物群落多样性和动态分析的强有力工具。 Fig. 1 Th e a nalysis pr ocess for microb ial 作者在此阐述了P R2DGGE 技术的原理和操作过程 commun ity by PCR2DGGE 中的常见问题,及其在水处理 生物群落多样性和动 态性研究领域的应用现状、局限性和前景。 2 PCR2DGGE 1 PCR2DGGE 21 1 DNA P R2DGGE 技术建立在总遗传信息分析的基础 P R2DGGE 技术是基于核酸序列的不同,将片段 大小相同的DNA 序列分开。在进行变性梯度凝胶电 上,DNA 提取质量的好坏直接影响着后续实验。然而 泳时, 不同序列的双链DNA 分子4 种碱基的组成和 对于复杂样品,DNA 提取通常需要经过样品预处理、 排列有差异, 双链的解链需要不同的变性剂浓度, 并会 细胞裂解、DNA 沉淀等步骤, 这些操作易造成菌种数 [4] 发生空间构型的变化, 最终导致电泳迁移率的差异。 量和DNA 含量的变化, 引起分析偏差 。 生物样品总DNA 提取方法包括间接法和直接 当双链DNA 分子在含梯度变性剂( 如尿素、甲酰胺) : 2008- 12- 25 : (1983- ), , , , : ; : ,。E2mail: luynjust@ya2 .