蛋白质组信息学实验汇总【荐】.docVIP

实验三、多序列比对 软件平台 clustalX、bioedit、DnaMan 过程 Clustal：Load Sequence（数据文件必须在ClustalX目录里） 菜单Alignment-Alignment Parameters-Multiple Alignment Parameters 进入参数设置页面 alignment - do complete alignment，进行完全比对(生成.dnd和.aln文件) 比对完成，选择保存结果文件的格式phy：File-Save Sequence as- 结果处理：Bioedit: 导入.aln文件 “掐头去尾”edit DnaMan: 打开DnaMan,依次打开“文件/打开指定的/多重比对”，载入Clustal X比对后的.aln文件 点击options，参数设置，在这里，你可以设置每行显示的序列，是否显示一致序列，彩色或黑白等 点击Output,输出为图形文件 实验五、分子进化与系统发育分析 软件平台 clustalX , MEGA, Phylip（注：phylip使用方法可搜“phylip软件的说明”） TreeView 实验过程 ClustalX： （1） 使用CLUSTALX多序列比对，输出格式为 *.PHY（具体见上文） （2） 下载phylip，双击打开SEQBOOT ,按路径输入刚才生成的 *.PHY文件；设定适当参数（4n+1）；输出outfile1文件。 （3） 打开PROTPARS（最大简约性法）【可选，具体情况具体分析】，输入outfile1文件后，得到outfile2和outtree1; （4） 打开CONSENSE程序，输入outtree2，运行输出outfile3和outtree3文件; （5） 树文件outtree3用TREEVIEW软件打开显示 MEGA软件： （1）File-open a file/session-打开fasta文件，选择相应的data type （2）Align-edit/build aligns-Retrieve sequences from a file,打开文件； （3） 点击Phylogeny 选项，选择建树方法，建树保存。 实验六、蛋白质预测 实验平台 PredictProtein(账号)，JPred，SOPMA 实验结果 首先下载好序列数据 PredictProtein：(Dashboard 中右上角Html) 二级结构:Prediction(brief); 结构域：Protein-Protein binding; Motif：pattern-ID; 跨膜区：PHD result； 二硫键：Result for query.blastpsimat中的数字； 实验七、预测结构并同源建模 一、实验平台 Swiss-model, modeller, PROCHECK, Molpobity, VMD 二、实验过程 用swiss-model 和modeller分别预测如下序列的结构，并用PROCHECK和Molpobity分别评价所得预测模型，详细注释所得结果； Modeller用法：（搜索“modeller中文教程”，陈照强博客）、、 下载模板，并去除杂原子（pdb或swiss-model）；将待建序列处理成.ali文件；【 P1;nature sequence:nature:::::::0.00:0.00】 （1）单模板：align.py model_single.py evaluate_model1.py(pdb) evaluate_model2.py(ali) 使用得到的profile中数据作图; modeller同源建模后，使用chimera对模型做了1500步的最速下降法，得到最终模型 多模板： 评估软件：/SAVES/ 实验八、蛋白质功能预测 1,blast序列，数据库选择nr，保存blast结果，查看domain信息以及系统进化树关系/Blast.cgi 2,protscale工具，/protscale/ 3,ProtParam工具计算等电点等信息（Gravy值的范围在2~-2之间，正值表面此蛋白为疏水蛋白，负值表明是亲水蛋白）、/protparam/ 4,mitif_scan查找motif、http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan 5,三维结构信息，二级结构:/ / 三级结构:/repository/ 6,相互作用：/newstring_cgi/show_network_section.pl 7,信号肽http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ /thread-2559-1.html 8,跨