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基于MC+L与+KN+N的混合聚类算法.pdf

第35 卷 第1 期 桂 林 理 工 大 学 学 报 Vol35 No1 2015 年2月 Journal ofGuilin University ofTechnology Feb 2015  文章编号:1674-9057(2015)01 -0181 -06      doi:103969/j.issn1674-9057201501029 基于MCL与 KNN 的混合聚类算法 牛秦洲,陈 艳 (桂林理工大学 信息科学与工程学院,广西 桂林 541004) 摘 要:MCL是一种图聚类算法,针对MCL计算过程会产生小聚类及边缘节点从团中脱离出来的问题, 提出了一种基于MCL与KNN相结合的混合聚类算法。该算法利用KNN 的分类特点,以MCL聚类得到的 聚类表为依据,通过KNN对小聚类中的元素进行再分类,以提高聚类的质量。实验证明此方法是可行的, 改进后的算法能使聚类质量有所提高。 关键词:MCL;聚类;KNN;小聚类;再分类 中图分类号:TP3016              文献标志码:A 聚类分析是数据挖掘领域中一种重要的数据 更彻底。但由于在MCL聚类过程中过度拟合使得 处理方法,主要是对数据按某种相似性度量标准 容易产生小聚类 (只有一两个节点的聚类)从而 来进行聚类。 影响聚类质量,为了解决这个问题,笔者采用 [8] 聚类操作中比较常用的几种算法有kmeans聚 MCL结合KNN 的混合算法,对MCL进行改进以 [1 -2] [3] [4] 类 、基于密度 的聚类和基于网格聚类 等, 提高聚类质量。 但这些算法都存在以下几个方面的缺陷:1)它们 1 MCL聚类算法介绍 都是以经典的相似性度量作为聚类的基础,聚类 而成的概念不能完全反映该类概念抽象的实质, 11 MCL聚类算法概述 进而导致求解精度下降;2)当样本属性较多时, 马尔可夫聚类算法 (MCL)是 van Dongen[5] 往往很难通过简单计算得到的相似度值来全面地 开发的用于图形聚类的算法,已成功应用于蛋白 反映样本之间的相关或相似程度,从而导致样本 质家族分析等领域。MCL算法是基于随机流的一 聚类概念的区分度较低。 种方法,不需预先设定聚类数目,通过概率改变 与传统的聚类算法相比,MCL (Markov clus 和反复修改矩阵以实现随机流模拟。 tering,马尔可夫聚类)能够很好地避免以上问题 MCL聚类过程主要由在随机矩阵 (马尔可夫 的发生。MCL 聚类是图聚类的一种,其核心思想 矩阵)上的两个操作构成:膨胀操作和扩展操作。 是基于模拟随机流 (使用图的转移概念矩阵)进 膨胀操作主要是对矩阵进行的幂操作;扩展操作 [5] 行图聚类 。这种方法已被应用到很多领域并取 是对随机矩阵中每个元素进行的幂操作,即M = ij [6 -7] r 得显著成功 (如蛋白质的TribeMCL 聚类) 。 (M) ij 。 在MCL聚类的过程中,不是简单地求出样本之间 12 相关定义及操作介绍 的关

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