amber11安装及注意事项.docVIP

Amber11安装及注意事项 本次安装的系统为CentOS 5.3 x64位版本，假设所有的编译器已经装好，环境变量已经设置好（GNU）。 本次安装需要用到以下文件：Amber11及AmberTools 1.5（Amber11需要购买，AmberTools可以到 / 下载）Amber11.tar AmberTools-1.5.tar.bz2bugfix.all（for AmberTools 1.5） apply_bugfix.x（for Amber11） bugfix.1to17.tar.bz2（for Amber11） OPENMPI并行器（可以到 / 下载）openmpi-1.4.3.tar.bz2 假设以上文件均位于/public/soft文件夹内，下面开始安装。安装使用的编译器为GNU系列（gcc/gfortran），并行器为openmpi 1.4.3版本。 开始：$cd /public/soft 1.$ tar xvfj AmberTools-1.5.tar.bz22.$ tar -xvf Amber11.tar 3.$ cp bugfix.all apply_bugfix.x bugfix.1to17.tar.bz2 ./amber11 接下来我们回到用户的根目录，编辑.bashrc文件4.$ cd ~ $ vi .bashrc 在文件最后添加如下代码并保存： #amber11 export AMBERHOME=/usr/local/amber11 export PATH=$PATH:/usr/local/amber11/bin $ source .bashrc （编译.bashrc） 5.$ cd /usr/local/amber11 6.$ patch -p0 -N bugfix.all 7. $ chmod 700 apply_bugfix_all.x 8. $ ./ apply_bugfix_all.x bugfix.1to17.tar.bz2 AmberTools 1.5串行版安装： 9.$ cd AmberTools/src10.$ ./configure gnu11. $ make serial AmberTools 1.5串行版安装完成。 测试AmberTools串行版(可Amber11及AmberTools-1.5完全安装后再测试，推荐过程中测试)： $ cd $AMBERHOME/AmberTools/test $ make test ? 设置AmberTools 1.5的环境变量： $ vi ~/.bashrc #MPI AmberTools export MPI_HOME=$AMBERHOME/AmberTools export PATH=$AMBERHOME/AmberTools/exe:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/$AMBERHOME/AmberTools/lib:$LD_LIBRARY_PATH $ source .bashrc（编译.bashrc） AmberTools 1.5的环境变量设置完成。 Amber11串行版安装： $cd AmberTools/src $./configure gnu $cd $AMBERHOME $./AT15_Amber11.py $cd src $make serial Amber11串行版安装完成 ?? 测试Amber11串行版(可Amber11及AmberTools-1.5完全安装后再测试，推荐过程中测试)： ? $ cd $AMBERHOME/test ?? $ make test 安装和配置并行器openmpi ： 安装openmpi-1.4.1.tar.bz2（gnu版）： $ tar?xvjf openmpi-1.4.1.tar.bz2 $ cd openmpi-1.4.1 $ ./configure --prefix=/public/soft/ompi140-gnu CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran -enable-mpirun-prefix-by-default --with-memory-manager=none --with-openib=/usr $ make –j 8 $ make install 将openmpi140-gnu安装在：/public/soft/ompi140-gnu 配置文件 /etc/profile $vi /etc/profile #for openmpi140-gnu export MPI_HOME=/public/soft/ompi140-gnu export PATH=${MPI_HOME}/b