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“螺旋课堂”2008 年第十一课 “基因启动子分析基本流程” “螺旋课堂”2008年第十一课“基因启动子分析基本流程” 螺旋 亲爱的螺友们好，大家好！欢迎光临螺旋讲堂，很高兴有机会和大家相聚螺旋网， 让我们一同在讨论中学习，在交流中成长！ 分子生物学发展迅猛，新方法新技术新发现层出不穷，但是我想,我们的基础研究从 某种意义上来说，可以简单的分为两大部分，一个是基因的表达，另一个是基因的功能。当 然，这个基因的概念现在已经不仅仅是指编码蛋白的 DNA 序列了。 我们这期主要探讨基因的表达。而转录调控在基因表达中占有很重要的地位。基因 的转录调控机制非常复杂，这些理论有机会我们再详细探讨，这里就不多介绍了，我们主要 谈一下对于一个新的基因，如何开始他的转录调控研究，第一步到底该怎么做呢？ 这里提供一些简单的入门级别的方法，希望对大家有用。相信还有更多更好更实用 的方法，也希望螺友们能够拿出来和大家分享，共同进步！ 本次讲座共分为五个部分主要是讲第一部分,因为这个一般的文献和书籍都很少有 详细说明. 一：克隆目的基因基本启动子序列 我们都知道，基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游，当一个基因在没有 确定其转录起始位点的时候，我们假定 NCBI 上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的 第一个碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游 2000bp 左右和下游200bp 左右，当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发 现一般的基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因 mRNA 序列和基因组序列 BLAST，就能够在染色体上找到这段基因 组序列。我这里用 human 的AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下. “螺旋课堂”2008 年第十一课 “基因启动子分析基本流程” 1 首先需要在 NCBI 里面查找到 AGGF1基因的 mRNA 序列,这个我想大家都应该很清楚,如 下图. “螺旋课堂”2008 年第十一课 “基因启动子分析基本流程” 2 然后就是用这段 mRNA 序列和人类的基因组序列 BLAST 3 BLAST 得到了很多结果，我们往往选择最上面那个最匹配的结果。 “螺旋课堂”2008 年第十一课 “基因启动子分析基本流程” 4 点击之后就可以看到下图，这个基因的14个外显子和13个内含子在5号染色体上的位置一 目了然，第一个外显子在上面，说明这个基因在染色体上是正向的，基本启动子就应该在第 一外显子上面，我用红色的方框标明了。 “螺旋课堂”2008 年第十一课 “基因启动子分析基本流程” 5 大家有没有注意到左上方有个数据框，我把数值改为76,360K 到 76,362.200 , 刚好 2200BP,包括了第一个外显子的前200BP 左右. 然后点击红色框标明的 Download/view sequence. 6 然后就到了这个界面, Sequence Format 选择 GenBank, 然后点击 Display. 就得到我 们所需要的序列了. “螺旋课堂”2008 年第十一课 “基因启动子分析基本流程” 7 这里我们可以看到1989到2201是 AGGF1 的 mRNA 序列,说明我们的确找到了该基因5非 翻译区的上游启动子序列.建议将这2200bp 都克隆下来.. “螺旋课堂”2008 年第十一课 “基因启动子分析基本流程” 以上的步骤就是基因基本启动子的查找,其实还有很多调控序列是在基因内含子区域或者是 基因的3非翻译区等,序列查找的步骤和上面是一样的. “螺旋课堂”2008 年第十一课 “基因启动子分析基本流程” 8 还有一个方法更加简单,那就是用 AGGF1 的 前60bp 序列和 nucleotide 数据库 BLAST, 可以得到该序列在染色体上的位置,需要注意的是,如果是反向的序列的话,我们就要选择反 向互补的序列. 相信大家在使用的过程中会有更多的发现.