代谢网络若干计算问题的研究.pdf

摘要 生物体内需要经过多种中间反应从营养物质转化成最终代谢产物。转化过程中，代 谢反应过程却是错综复杂、多种途径，f：存的。从一个抽象的水．甲上看，细胞代谢．口J‘以被 看成一个连接箨个节点(物质)的复杂网络，生物体功能通过网状的交互作用完成。代谢网 络是生物系统中最重要的I】c)9络之一，它连接着基因型和表现型。理解、分析代谢网络的 功能是当前生物信息和系统生物学的重要组成部分。不仅要对单个代谢物深入研究，也 必然需要将大量数据整合起来进行分析，以系统的观点研究生物网络的组织结构。本文 针对代谢网络的若干计算问题进行研究。论文土要从以下几个方向深入研究： 1．理解代谢网络内部流量分布，特别是基因敲除后的流量分布有助于设计菌株。然而代 谢流量平衡分布计算是一个开放性问题，一直没有一个较好的求解，存在理论；}Ij望值 和化合物测量值之间的差异。本文提出了一个新的模型用于计算代谢流量分布，分析 结果具有指导意义。 2．代谢网络具有很多冗余路径，并不是每一个反应都是晕要的。尽管也出现了一些方 法(包括代谢平衡分析方法)用于预测基因重要性，但是还不通用，所需条件很多， 只能针对特定的模式生物有效。通过“反应一酶一基凶”的关系。由反应重要性推测出 基因重要性，发现可以从以下三个方面深入研究：(1)模拟生物体生长所需最小代谢 网络，给出网络中的重要反应；(2)通过模拟代谢网络中的某一个反应被删除后对其 他反应的影响程度，预测该反应重要性：(3)通过某一个反应在所有生物体中是否存 在，给出一个权重，再预测这些反应的重要性。生物实验是通过一个一个敲除基因观 察该生物是否生长来推测该基因是否重要，要对每一个基因都做生物实验的工作量 是极其巨大的。而使用本文所提出这些方法将会大大降低难度和复杂度。 3．模拟代谢反应的缺失变异对整个网络的影响程度。影响程度定义为级联影响被删除 反应前后的反应个数。每一个生物体的平均反应影响程度都很小，这就显示冗余的 代谢路径能够补偿反应的缺失。发现古菌的平均反应影响程度小于真核生物和细菌， 这可能暗示着古茵具有很强的健壮性抵制了进化过程中的扰动。同时，发现代谢网络 的无尺度特性和反应的可逆性决定了代谢网络的健壮性。还发现生物体适宜的生长 温度和代谢网络结构存在一些相关性。 4．提出了一个代谢网络的进化模型，这个模型阐明了从少数远古时期的物质进化发展 到当前复杂的代谢反应网络。这个模型是基于两个重要条件的：反应的分布权重和 i 代谢物的连接性。发现存在于很多种生物体中的反应是重要的，因为重要反应一般比 非重要反应进化出现得早，所以这种分布广的反应就应该比分布窄的出现得早。此 外，进化过程巾，后出现的反应的反应物必须早已小现。在给定的。‘些原始地球可能 出现的有机物和无机物基础上，描绘了代谢网络的进化过程。存这个模型基础上，做 了进一步分析：首先，分析生物进化过程中氧气怎么出现以及推测出现的时间段；其 次，研究了牛物体进化过程中的适应性和自十性；最后，评估优化生长的反应是否出 现在进化早期。 关键词：代谢网络，重要基因，进化 分类号：TP31l Abstract uses inter-reactionstOconvertfromnutritiontotheultimate Organismmany metabo． IRes．Metabolismis that interact theabstract complexmanypathwaystogether．In level，the metabolismcanbetakenasthe networksthatconnectmetabolites complex many reactions by andthefuncti