典型海洋环境中浮游细菌多样性及环境适应机制的的的研究.pdf

摘要 典型海洋环境中浮游细菌多样性及环境适应机制的研究 摘要 海洋浮游细菌是海洋生态系统中丰度最高的微型生物类群，具有极为丰富的 遗传多样性和生理代谢多样性，从而具有极为重要的生态地位和功能。本论文阐 明了一些典型的海洋浮游细菌类群在中国的典型海域及全球主要大洋中的多样性 分布特征，并探讨了它们的环境适应机制以及和环境协同进化的关系。主要研究 对象为受关注较少同时对海洋碳循环和光利用有独特贡献的几类浮游细菌类群， 包括擅长降解大分子颗粒有机物的嗜纤维菌一黄杆菌类群 (@，印厅唧．‰6口c纪，-妇，CF)、生理潜能和生态功能目前仍知之甚少的浮游古 菌、具有固定C02能力的浮游变形细菌、能兼性利用光营混合营养的好氧不产氧 光合异养细菌(AAPB)和有色异养细菌(PHB)等。 首先，我们选取了东海的长江口为中国边缘海中河口到陆架的典型过渡区域， 系统地调查了CF类群、浮游古菌和固碳变形细菌在该区域的多样性分布模式。CF 类群是海洋中最为丰富的浮游细菌类群之一。我们通过使用一对新设计的CF特异 的16SrRNA基因引物构建得到长江口与东海两个海区的克隆文库，揭示了CF在 rRNA 这两个区域丰富的多样性以及截然不同的多样性分布模式。70条CF的16S 基因序列可分为26个亚群，包括7个东海特有的亚群、17个长江口特有的亚群以 及2个共有的亚群。东海CF种的多样性较高，而长江口CF亚群的多样性较高。 在亚群水平上，长江口和东海都是广谱的亚群占优势地位。来源于土壤、近岸和 淡水的亚群仅在长江口有分布，这和该站位的地理位置和环境特征是一致的。CF 种对水文条件完全不同的两种生境的适应以及本土CF群落的发展和演替造成了 长江口与东海CF群落结构间的显著差异。 通过构建长江口古菌16SrRNA基因的2个克隆文库，我们也揭示出浮游古菌 这类在海洋生态系统中广泛分布的类群同样也存在于中国的典型海域。对所得到 的21个RFLP带型测序的结果显示了长江口区域存在着两个古菌类群，即属于 II)。 C砣刀口阳办口PD细的海洋类群I(MGI)和属于觑伽彤厅伽。触的海洋类群II(MG MG l的克隆子在2个文库中都是优势类群。我们得到的大部分序列与未培养的海 洋古菌近缘，其中有2条序列与新鉴定的海洋硝化古菌^协九∞卵甜小刀螂肌口，．打砌凇 摘要 有98％的同源性，提示古菌在河口生态系统中可能有着重要的生态作用。 具有固碳潜力的变形细菌也是一类具有重要生态意义但受关注较少的海洋浮 游细菌类群。我们首次设计得到专门针对变形细菌l，5．二磷酸核酮糖羧化酶／力口氧 海两个站位样品的扩增。结果表明I型的多样性在高盐低生产力的离岸站位较高， 而II型的多样性在低盐高生产力的近岸站位较高。部分序列与数据库中己知的而以 基因序列相似性很低(60～78％)。揭示出在东海水域分布着多样的具有固碳能力 的浮游变形细菌，这也提示我们需要进一步关注它们在海洋碳循环中的贡献。 然后，我们以一类典型的功能海洋细菌类群AAPB为代表，系统地分析了它 们在全球主要大洋巾的多样性分布模式，并探讨了它们和环境的协同进化关系。 来自包括太平洋、大Pfi洋和印度洋以及中国边缘海的表层AAPB指示基因——光 反应中心复合体小亚基基因(p衫M)的多样性数据表明，AAPB在全球海洋中具 有丰富的多样性，而且随着叶绿素口浓度的升高而呈降低的趋势。这一发现说明 从寡营养到富营养海区，AAPB的多样性和丰度的分布趋势正好相反。 在垂直梯度上，通过对中心太平洋、大西洋和印度洋三个站位的表层和弱光 层上层的浮游细菌样品建立6个p甜朋基因克隆文库，我们进一步证实了贫营养大 洋AAPB种群极高的多样性。同时，首次从真光层以下的弱光区域(200m)扩增 得到大量的p舻M序列(共136条序列，划分为37个OTU)。系统发育分析的结果 表明真光层以下的AAPB种群也是多样化的，覆盖了所有在表层海水中发现的亚 群，但多样性、GC和GC3含量比表层站位稍低，同时优势度更高。这些结果支持 了这个假说——A