鸻形目鸟类线粒体假基因遗传特征及其进化研究.pdf

鹪形且鸟类线粒体假基因遗传特征及其进化研究 鹞形目鸟类线粒体假基因遗传特征及其进化研究 研究生： 崔博 指导教师： 李庆伟教授 学科专业： 细胞生物学 中文摘要 随着聚合酶链式反应(PcR)和DNA测序技术的发展，线粒体DNA(mIDNA)已 成为鸟类系统学和进化研究的理想分子标记。由于线粒体假基因与mlDNA具有一定的 相似性，经常有研究者用线粒体基因的通用引物从总D1qA中扩增出核基因组中的线粒 育研究中将Nmts误认为是Intm弧。就很有可能会得出不准确或错误的结论。虽然 Numb序列在一定程度上给ml功qA的应用带来了干扰。然而Numts序列是联系细胞核 内外两套遗传物质的重要挢粱，另外Num虹序列作为核基因组中不表达的假基因也为系 统发育研究提供了新的分子标记，为从一个全新的角度来探讨物种的进化机制提供了新 的线索。目前人们己利用NumIs作为系统发育标记对人和一．加如棚进行了探索性研究， 然而对于鸟类核基因组中的线粒体假基因研究却很少。线粒体假基因已成为一个新的热 点研究领域．对鸟类Nmls进行深入研究对于解决鸟类系统发育中的关键问题具有重要 意义。 为了更深入地了解鹆形目鸟类之问的进化关系以及假基因在分子系统学中的应用 价值，本研究首次利用特异性引物采取P(聚方法扩增鹆形目11种鸟类的线粒体册8幅 基因(部分^研8和部分^研6基因)及其假基因(孙lmts)片段。实验中所检测的鹆形 目11种鸟类线粒体册8／6基因的长度均为626bp，无插入缺失；N岫ts片段长度均为 618bp，与线粒体瑚唧蜘基因相比存在一处长为gbp的缺失，未见插入现象，并且在序 列内部含有终止密码子。鹄形目11种鸟类NuI_≯的核苷酸变异值从o．2％到1．6％，共 有14个可变核苷酸位点，转换颠换的比值为1．2，碱基替换在各密码子上发生的频率几 乎相同(分别为34．6％，32．3％，33．1％)，没有咀显的转换倾向性：而线粒体基因的核苷酸 变异值从8．7％到25．8％，共有243个可变核苷酸位点，转换颠换的比值为1．6，碱基替 换在密码子三个位点发生的频率分别为20．8％，4．6％，74．6％。用线粒体筒四8／6基因 和N啪ls序列分别构建NJ树和MP树，系统发育分析显示线粒体基因能够很好的反映 3 {鹃形目鸟类线粒体假基因遗传特征及其进化研究 系统发育关系。由于Numts的可变核苷酸位点较少。在近缘物种中无法提供充分的信息。 利用鹞形目11种鸟类的线粒体^研8，6基因及其NumIs共同构建NJ树，表明所有的 Numts可能起源于同一线粒体片段的插入，具有拭同的祖先。N哪b的进化速率缓慢， 是非常好的mlD悄A分子化石，可以作为某些系统发育研究的外群。在今后的系统发育 研究中，mlDNA与Numls的结合应用将能够更深入的解决系统发育问题。从而更真实 的反映物种的进化历史。 关键词：鹪形目；mtDNA：N嘲ts；系统发育 4 鸫彤目鸟类线粒体假基因遗传特征及其进化研究 1文献综述 随着分子生物学技术的快速发展，分子进化已成为近年来进化生物学研究中的一个 重要方面吐自从1963年№鹞夫妇首次在线粒体中发现遗传物质闭，关于线粒体DNA 的研究迅速展开。脊椎动物线粒体DNA(mito曲∞driaIDNA，mlDNA)具有共价闭合的 双链环状结构，能进行自我复制，严格母系遗传而且拷贝数多，并且由于它是真核细胞 中分子量较小而又容易纯化的复制单位，因此是研究Dl《A结构及其基因表达的良好模 型，同时也为从分子水平上解决分子进化和系统发育问题提供了理想的研究材料【3l。20 世纪80年代多聚酶链式反应(PcR)技术的发明I．J大大简化了过去复杂的实验流程，为 mtDNA的研究和广泛应用提供了极为有利的条件。80年代末90年代初，毖曲H等闭 设计了大量适用于后生动物的逶用引物，并提出用这些通用引物扩增线粒体基因无需用 提纯的m眺做模板．用总INA即可。有了这样的理论基础，关于m毋NA的各方面 研究迅速开展起来，但在此过程中经常有研究者提出PcR产物中存在“异质性”mlDNA 片段，然而这些片段却没有受到足够的重视。后来少数人深入研究发现这些片段并不是