SARS冠状病毒RNA依赖的RNA聚合酶RdRp蛋白保守氨基酸基序的鉴定.pdfVIP

第 卷 第 期 病 毒 学 报 20 4 Vol . 20 No. 4 2 0 0 4 年 1 2 月 CHINESE JOURNAL OF VIROLOGY dec. 2 0 0 4 冠状病毒 依赖的 聚合酶（ ） SARS RNA RNA RdR p 蛋白保守氨基酸基序的鉴定 张大鹏，王进，杨洁，华子春 （南京大学 医药生物技术国家重点实验室，南京 210093 ） 关键词：严重急性呼吸综合征冠状病毒（ 病毒）； 依赖的 聚合酶蛋白；多序列比对；同源模建 SARS RNA RNA 中图分类号： 文献标识码： 文献编号： （ ） R373 .9 A 1000 - 8721 2004 04 - 0371 - 07 严重急性呼吸综合征冠状病毒（ 病毒）的 的酶家族具有相似的结构及催化机制。生物 SARS RdRp 高危害性，使得研究其分子机制并开发有效的治疗 信息学的方法也被用于寻找RdRp 蛋白的高保守的 ［ ， ］ 药物成为当前生物学家面临的紧迫任务。基于对其 氨基酸基序 19 20 ，以及探讨RdRp 同其它RNA Pol ［ ］ 21 它冠状病毒的认识及有效的生物信息学搜索方法， 的进化关系 。但是到目前为止，关于 SARS - ［，］ 1 2 的研究尚鲜见报道，因此在这里我们对它的 人们得以认识SARS 病毒的进化关系 ，同时它 RdRp 的一些非结构蛋白，如 、 、 的可能 序列模式及三维结构进行了分析和模建，以便为下 nsP14 nsP15 nsP16 ［，］ 3 4 一步的药物设计奠定基础。 的功能结构域也得到初步的确定 ，尽管它们与 功能已知蛋白的序列相似性很低。多个 SARS 蛋 寻找功能的氨基酸基序是认识蛋白质结构和功 ［，，］ ［］ ［］ 能的前提工作。多序列比对是确定这些氨基酸残基 白，如 5 6 7 、 8 、 9 的结构，也先后 3C ro S ike nsP9 p p 利用同源模建的方法和实验的方法获得。而且以模 的有效方法，因为蛋白质中的催化残基以及其它功 建的