致病性大肠杆菌UPECCFT073全基因组分析.pdfVIP

生物物理学报 第二十五卷 第四期 二 九年八月 ACTA BIOPHYSICA SINICA Vol.25 No.4 Aug. 2009 致病性大肠杆菌UPEC CFT073 全基因组分析 及致病机制的新认识 成伟， 胡钢清， 朱怀球 (北京大学工学院生物医学工程系，理论生物学中心，北京 100871 ） 摘要：尿道致病性大肠杆菌UPEC CFT073 菌株 uropathogenic CFT073 于2002 年被完全 ( Escherichia coli ) 测序并注释。但是，对其基因组的研究还很不完善，首先表现在基因组注释的系统性错误和滞后性。作者运用一 系列生物信息学方法和工具，从编码蛋白质基因、编码RNA 基因等角度对RefSeq 数据库的基因组注释进行了系 统的修正和增补，并在此基础上鉴 了一批新的候选致病因子基因。进一步的分析表明，得到的基因组注释对 CFT073致病相关的一些重要调控关系和机制能够给出更准确、完整的描述。 关键词： CFT073; 基因注释; 致病因子 Escherichia coli ： 中图分类号 Q61 0 引 言 释质量并进行全基因组的生物信息学分析，无疑是 该病原菌的基因组学研究的紧迫任务。 作为对公共健康具有重要威胁的病原菌，尿道 本文综合运用当前发展的原核生物基因预测工 致病性大肠杆菌 UPEC CFT073 ( uropathogenic 具、基因序列及结构比对、文献搜索等方法，对 Escherichia coli CFT073) 是引发全球每年约1.5 亿 E. coli CFT073 全基因组进行了系统的生物信息学 尿道感染病例的病原菌之一，它自1990 年被首次 分析。我 首先对全基因组的编码蛋白基因进行重 分离鉴定以来一直受到广泛的关注。该菌株全基因 新注释，并给出了所有已知的sRNA 基因注释。在 [1] 重新注释的基础上，我 发现了一批新的与致病相 组的测序和基因注释于2002 年发表 ，使得其致 病机制的基因组学研究成为可能。经过几年的研 关的基因，从中筛选了新的候选致病基因。进一步 究，人 对CFT073 中直接的致病因子已经有了一 的分析表明，这些新基因有助于对CFT073 致病机 定的认识。但是，CFT073 菌株的基因注释质量存 制的完整理解和进一步研究。全基因组的注释结果 可从网站免费下载 ftp ://1/CFT073/) 。 在很大的问题。研究表明，在目前被广泛使用的 ( RefSeq 数据库所提供的CFT073 基因组注释中，许 多重要的致病因子基因至今仍然被遗漏或错误标 1 材料与方法 [2] 注 。近年来陆续发现的在CFT073 的致病机制中 [3] 基因组数据 具有关键作用的sRNA (small RNA) 基因 也只有 1.1 少数被RefSeq 数据库收录。除了公共数据库没能 用于做比较基因组分析的4 个大肠杆菌菌株 及时更新的原因外，基因组注释质量问题的主要原 CFT073、MG1655、536、UTI89