8基因组测序与分析.pptVIP

第一节 基因组计划 1、人类基因组计划简介 人类基因组计划准备用15年时间，投入30亿美元，完成人类全部24条染色体的3×109脱氧核苷酸对(bp)的序列测定，主要任务包括作图(遗传图谱、物理图谱的建立及转录图谱的绘制)、测序和基因识别。其中还包括模式生物(如大肠杆菌、酵母、线虫、小鼠等)基因组的作图和测序，以及信息系统的建立。作图和测序是基本的任务，在此基础上解读和破译生物体生老病死以及和疾病相关的遗传信息 B 国际人类基因组测序策略 构建BAC克隆 ↓ 限制性酶处理获得指纹 ↓ 根据指纹重叠方法组建BAC克隆重叠群 ↓ 根据STS标记,将BAC克隆重叠群标定在物理图上 ↓ 每个BAC克隆内部采用鸟枪法测序,组装 ↓ 将BAC插入顺序与BAC克隆指纹极重叠群对比,将已阅读的顺序锚定到物理图上 两种策略的比较 鸟枪法策略 指导测序策略 不需背景信息 构建克隆群 (遗传、物理图谱) 时间短 需要几年的时间 需要大型计算机 得到的是草图(Draft) 得到精细图谱 3.人类基因组研究的惊人发现 4.单核苷酸多态性 人类99．9％的基因密码是相同的，而差异不到0．1％，不同人群仅有140万个核苷酸差异。这些差异是由“单一核苷酸多样性”（SNP）产生的，它构成了不同个体的遗传基础，个体的多样性被认为是产生遗传疾病的原因。在整个基因组序列中，人与人之间的变异仅为万分之一，从而说明人类不同“种属”之间并没有本质上的区别。 5.Shotgun测序及分析 DNA的提取和纯化 载体预备：和DNA片断结合，从而能够在细菌中扩增。 DNA片段的制备：将DNA用超声波切成能够测序的小片断 转化培养：小片断和载体结合，植入细菌中进行扩增。 提质粒：从细菌中提取出繁殖好的质粒 电泳检测：检测质量的好坏 测序：上测序仪测序 还没有完！拼接！！！ 因为整个基因组太长（上M),而每次只能测得一个500的小片断(read) 问题：如何根据read恢复原始顺序？ 类比：10本圣经，都从随机点起始剪成500个字母左右的小纸条，问：给你这么一堆小纸条，你能读出圣经来吗？ 但是都会拼错！ Shotgun法序列拼接 拼接错误：Repeat的存在 实例:流感嗜血杆菌基因组的测序及顺序组装 超声波打断纯化的基因组DNA ↓ 琼脂糖电泳收集1.6～2.0Kb的区段、纯化 ↓ 构建到质粒载体中 ↓ 随机挑选19687个克隆,进行28643次测序,得到可读顺序为11 631 485 bp ↓ 组装成140个覆盖全基因组范围的独立的顺序重叠群, ↓ 各重叠群间仍有间隙 顺序间隙 物理间隙 ↓ ↓ 运用计算机软件进行序列拼接 6. 基因识别 基因识别（gene identification）是HGP的重要内容之一，其目的是识别全部人类的基因。 基因识别包括： 识别基因组编码区 识别基因结构 基因识别目前常采用的有二种方法： 从基因组序列中识别转录表达的DNA片段 从cDNA文库中挑取并克隆。 7. 模式生物的基因组测序 水稻基因组测序 水稻是全球半数以上人口的主食，对解决全球粮食问题具有重要意义。 2002年我国科学家完成了水稻基因组定序和初步分析。出人意料的是，水稻的基因竟比人类基因还要多得多。人类基因大约有3万多个，水稻有4万多个基因。 水稻基因组可说是继人类基因组之后，完成定序的最大基因组，也是至今已知最大的植物基因组。 8.人类基因组计划对医学事业的影响 促进对致病基因的克隆 疾病的预测与诊断 如果掌握了与某种疾病相关的基因及突变，则可以对该疾病进行预测、诊断。 基因疗法的发展与应用 通过生物学、医学等技术对疾病相关基因进行抑制或调控，即可达到治疗某一疾病的效果。 第二节 DNA片段组装 2、序列片段组装过程 序列片段组装过程三个步骤： 首先进行序列片段的两两比较，确定可能的片段之间的覆盖（或者重叠）； 确定所有片段统一的覆盖模式，即确定各个序列片段的相对位置； 最后确定片段