单细胞基因组学分析的技术前沿.pdfVIP

逢 HEREDITAS(Beijing)2011年1,EJ，33(1)：17--24 ISSN0253—9772 WWW．chinagene．ca 综 述 DoI：10．3724／SP．J．1005．2011．00017 单细胞基因组学分析的技术前沿 潘星华，朱海英，MARJANISadieL． 耶鲁大学医学院遗传系，美国康耐狄克州纽黑文市 CT06520—8005 摘要：基因组学已经深刻地改变了生命科学的诸多领域的面貌。目前它的主要内容是新的全基因组碱基序列的 测定和在全基因组范围内鉴定那些在不同水平上影响生命活动的基 因群的功能和相互作用。为达此要求，近年 出现的第二代测序 (深度测序)技术和基 因芯片技术发挥 了关键作用，但是两者都需要足够的高质量的核酸样 品。所以，在只有或只能用单细胞或极少量细胞的情况下，如果没有特殊手段，上述分析往往不能常规、方便 地进行 文章以DNA扩增为主线，综合阐述 了目前在单细胞(特别是微生物)全基因组测序和大基因组的靶向重 测序，以及对单细胞或微量细胞进行的基于深度测序或芯片杂交的功能基因组分析，如转录组、ChIP和 DNA 的 CpG 甲基化分析等的最新策略和技术，评价了单细胞基因组测序和功能基因组学各技术的特点并对发展前 景进行了展望。 关键词：单细胞基因组测序；第二代测序技术；功能基因组学；转录组分析；染色质免疫共沉淀；CpG甲基化 图谱 Technologicaladvancesinsingle—cellgenomicanalyses PAN Xing—Hua，ZHU Hai—Ying，MARJANISadieL． DepartmentofGenetics，YaleUniversitySchoolofMedicine，NewHavenCT06520_8005，USA Abstract：Thetechnologicalprogressofthegenomicshastransformedlifescienceresearch．Themainobjectivesofge— nomicsaresequencingofnew genomesandgenome—wideidentificationofthefunctionandtheinteractionofgenesand theirproducts．Therecently developedsecondgeneration ornextgenerationsequencingplatfomr sandDNA microarray technologyareimmenselyimportantandpowerfultoolsforufnctionalgenomicanalyses．However,theirapplicationislim— itedbytherequirementofsufficientamountsofhighqualitynucleicacidsamples．Therefore，whenonlyasinglecellora verysmallnumberofcellsareavailableorarepreferred，thewholegenomicsequencingorufnctionalgenomicobjectives cannotbeachievedconventionallyandrequirearobustamplificationmethod．Thisreview highlightsDNA amplification technologiesandsummarizesthestrategiescurrentlyutilizedforwholegenomesequencingofasinglecell，withspecific focusonstudiesinvestigatingmicroorganisms；Anoutlineofrtargetedre-·sequencingenablingtheanalysisoflargerge-· nomes is also provided．Furthermore，the review presents the emerging functional genom ic applications using next—generationsequencingormicroarrayanalysistoexaminegenome—widetransc