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NTSYS-PC使用说明
1、生成矩阵:在excel按如下规则输入数据,A1=1表示有带记为1,B1=13表示扩增的总条带数, C1=7表示样本数,D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示引物名称。见下图:
输入完毕后,将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘。
2、生成系统树:
打开NTSYS-PC程序,点击similarity出现如下界面:
再点击Qualitative data,出现下面的界面:
点击input file,打开生成的excel文件,点击out file起一个文件名(假设叫A),然后点击compute按钮。继续点击clustering,出现下面的界面,
再点SHAN,出现如下界面:
点击input file,打开文件刚才保存的文件111,点击out file起一个文件名(假设叫222),把In case of ties改为Find,然后点击compute按钮。计算完成!缺失数据可用999代替,写在列的后面,软件就可以识别了TREE plot
Displays a tree matrix (such as produced by the SAHN module) or the NJOIN module.
The algorithm used to convert a tree matrix into a dendrogram display is given in Rohlf (1975a). A generalization of this procedure is used to plot a tree with different heights for each OTU.
The tree is displayed only a page at a time. The number of OTUs per page can be changed by either opening the plot options window or by pressing the + or - keys. The current page to be displayed can be selected either from the plot options window or by pressing the z and x keys.
Parameters Program parameters and batch codes.
?2000 by Applied Biostatistics, Inc.
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