基于新杂合进化算法的蛋白质折叠计算.pdf

第8卷第1期 生物信息学 V01．8No．1 201 China ofBioinformatics 0年3月 Journal Mar．，2010 基于新杂合进化算法的蛋白质折叠计算 周圆兀1，韩平畴2 (1．广西工学院土木建筑工程系，柳州545006；2．北京大学先进材料与纳米技术系，北京100871) 摘要：蛋白质能量最小化是蛋白质折叠的重要内容。用于蛋白质折叠的新的杂合进化算法结合了交叉和柯西变异。基于toy 模型的蛋白质能量最小化算例表明，这个新的杂舍进化算法是有效的。 关键词：杂合进化算法；蛋白质折叠；蛋白质能量最小化 中图分类号：0242；Q51文献标识码：A 文章编号：1672—5565(2010)一01—073—03 of anovel Analysis proteinfoldingusing hybridevolutionaryalgorithm ZHOU P．S．HAN2 Yuan—wul．Ray Construction (J．Civil EngineeringDepartment，GnangxiUniversityofTechnology，Littr,hou545006， China；2．College 100871，China) of西画，删，lg，Peking‰i％蚵，Beqing minimizationisfill of for content simulation．Anew Abstract：Energy important proteinfolding hybridevolutionaryalgorithmproteih is combinesthecrossover withthe mutationin folding algorithm algorithm evolutionarypro- proposed．The operator试genetic Cauehy some minimizationbased msultsshowthat iseffective． gramming．Forproteinenergy ex锄ples toymodel，the proposedalgorithm minimization KeyWords：hybridevolutionaryalgorithm；proteinfolding；proteinenergy 1 引言 速收敛，进化规划的柯西变异能很好的搜索到新解。 杂合进化算法将交叉算子和柯西变异结合起来，发 蛋白质是生命世界中最为重要的生物大分子之 挥它们的优势。 一。它极为多样化，对维持生命发挥了重要的作用。 结构是蛋白质行使功能的基础。如果知道蛋白质的 2蛋白质折叠的toy模型 结构，它的功能也就可以知道。Anfinsen提出一个 著名假设：蛋白质的天然结构由蛋白质的一级结构 决定…。蛋白质的天然结构是最稳定的结构。与 20种氨基酸分成两类：疏水的和亲水的，这两种氨 天然结构对应的能量应该是最小能量。最简单有效