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基于奇异值分解的致病基因挖掘算法.pdf
45
学 VoLNo．2
第45卷第2期 南京航空航天大学 报
2013年4月 ofAeronauticsA Apr．2013
of StrOnautlcs
JournalNanjingUniversity
基于奇异值分解的致病基因挖掘算法
张焕萍1’2 尹佟明2 郑建冬1
(1．南京林业大学机电学院，南京，210037；
2．南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室，南京，210037)
value
摘要：为从复杂的基因芯片表达数据中有效地挖掘致病基因，提出了基于奇异值分解(Singulardecomposi—
tion，SVD)的致病基因挖掘算法——Logistis回归奇异值分解(LogisticregressionSVD，LRSVD)，针对奇异值
方差评估特征模式的不足，LRSVD算法用Logistic回归系数代替方差评估每一个特征模式对分类的作用大小，
进一步提出利用基因内积评估每一条基因的分类能力，建立了特征模式与原始基因表达数据之间的线性映射关
系，并按基因内积大小排序，选择出对样本分类能力高的基因子集。将LRSVD算法应用于实际基因表达数据，
实验结果表明，LRSVD算法能有效挖掘出与疾病相关的基因子集。
关键词：奇异值分解；致病基因；Logistic回归
中图分类号：TPl81；Q811．4文献标志码：A 文章编号：1005—2615(2013)02一0277一06
DiseaseGeneIdentificationBasedon Value
SingularDecomposition
Z^n行gH“口，zpi，z91¨，Yi靠Tong，挖i咒92，Z^P咒gJiⅡ以do咒91
ofMechanicalandElectrical
(1．College Engineering，NanjingForestry
2． ofForestGeneticsand of
Laboratory Education，
Key BiotechnologyMinistry
NanjingForestryUniversity，Nanjing，210037，China)
Abstract：To disease from data，an method
efficientlyidentify genes geneexpressionimprovedLogistic
Value on value is to
regressionsingular
decomposition(LRSVD)，basedsingulardecompositionproposed
findthe associatedwithdisease．LRSVDevaluatesthecontributionofeach totheclassi—
genes
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