分子动力学研究抑制剂pDI6W与MDM2的相互作用机制.pdfVIP

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2015-09-08 发布于湖北
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分子动力学研究抑制剂pDI6W与MDM2的相互作用机制.pdf

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分子动力学研究抑制剂pDI6W与MDM2的相互作用机制.pdf

第29卷第6期原子与分子物理学报 V01．29No．6 0FAT()MICANDM()LECULARPHYSICS 2012年12月 JOURNAL Dec．2012 doi：103969／j．issn．1000—0364．2012．06．003 W与分子动力学研究抑制剂pDl6 MDM2的相互作用机制陈建中1，梁志强1，张庆刚2，刘晓阳3，王伟1，刘进庆1 (1．山东交通学院理学院，济南2500235 2．山东师范大学物理与电子科学学院，济南2500145 3．济南职业学院电子工程系，济南250014) 摘要：p53一MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标．本文采用分子动力学模拟和MM— PBSA(m01ecularmechanics-Possion_B01tzmannsurface area)方法计算了肽类抑制剂pDl6w与MDM2的结合自由能，结果证明范德华作用是pDl6W与MDM2结合的主要力量．相关矩阵的计算结果表明pDl6w的结合主要诱导了MDM2内部的反相关运动．基于成对残基的自由能分解计算不仅证明pDl6w的5个残基 Phel9’，Trp22’，Trp23 —CH和7c一丁【相互作用驱动了pDl6W在MDM2疏水裂缝中的结合．这为抗癌药物的设计提供了理论上的指导．关键词：分子动力学；MM—PBSA；结合自由能；MDM2；相关矩阵中图分类号：Q641．12 文献标识码：A 文章编号：1000—0364(2012)06一0953—07 intointeractionmechanismoftheinhibitorWwith Insi曲t pDl6 MDM2 on basedmOlecular dynamics CHEN Jian—Zhon91，LIANGZhi—Qian91，ZHANGQing—Gan92，LIUXiao—Yan93， WANG Weil，LIU Jin—Qin91 of (1．SchoolScience．ShandongJiaotongUniversity，Jinan250023。China； of and Normal 2．CollegePhysicsElectronics，ShandongUniversity，Jinan250014，China； ofElectronicsand Vocational 3．Department Engineering，JinanCollege，Jinan250014，China) interactionhasbeenan of this Abstract：The