大肠杆菌基因组水平蛋白质-RNA相互作用初步研究.pdf

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2015-09-21 发布于安徽
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目录目录………………………………………………………………………………1 缩略词表…………………………………………………………………………3 大肠杆菌基因组水平蛋白质．RNA相互作用初步研究……．……………………5 中文摘要………………………………………………………………．羔，“．………………5 英文摘要………………………………………………………………………．………………9 1．前言……………………………………………………………………………………13 2．材料与方法……………………………………………………………．15 2．1 实验材料……………………………………………………………．15 2．2 实验方法……………………………………………………………．17 3．实验结果……………………………………………………………………………22 3．1 eDNA文库构建……………………………………………………．．22 3．2 高通量测序结果概况………………………………………………．．24 3．3 基于MCA方法获得与蛋白质结合的转录本………………………25 3．4 运用dCLIP软件分析获得的结果…………………………………．．26 3．5 通过Piranha软件获得与蛋白质结合的转录本……………………．27 3．6 整合三种方法的结果………………………………………………．．28 4．讨{念………………………………………………………………………………………………………………．28 5．结j沧…………………………………………………………………………………………．30 参考文献……………………………………………………………………31 附录………………………………………………………………………………………………………………………一33 第一部分高通量测序数据及注释情况……………………………………33 第二部分MCA分析方法以及MCA分析得到的结果……………………35 第五部分CIMS分析数据的程序以及CIMS得到的结果………………．53 第六部分IGR与预测数据库比较的结果…………………………………58 综述………………………………………………………………………………………………………67 参考文献…………………………………………………………………………79 发表论文………………………………………………………………………．83 个人简历………………………………………………………………………．95 致谢………………………………………………………………………………………………………97 万方数据 2 万方数据缩略词表缩略词表简称英文全称中文全称 Acr aerylamide丙爨酰胺 AP Ammonium persulfate z-t嗽 SDS sodium dodecylsulphate ．十二烷墓黼钠 Tris Tris(hydroxymethyl)aminomethane三羟基氨基节辍． EDTA diaminetetracetic 。 ethylene acid 乙二胺四乙酸 u