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图顶点着色问题的改进粘贴DNA 算法 1,2 1 杨玉星 ，马季兰 1.太原理工大学计算机与软件学院，山西太原 (030024) 2. 安阳师范学院计算机科学系，河南安阳 (455000) E-mail ：jade_star@163.com 摘 要：为减少操作步骤，提高解题效率，提出了多级分离技术；设计了一个多级分离装置 的模型；将多级分离技术应用到求解图的顶点着色问题中，对解决该问题原有算法加以改进； 改进后的算法减少了操作步骤，达到了预期目的；最后，通过对一个实例的模拟，说明了改 进算法的可行性。 关键词：DNA 计算；粘贴模型；多级分离；NP-完全问题；图顶点着色 中图分类号：TP301.6 0 引言 图的顶点着色问题是图论中一个著名的NP 完全问题，目前，用传统的计算机仍没有有 效的算法。1994 年，美国加利福尼亚大学的Adleman 教授用现代分子生物技术，通过七天 的生物试验，解决了七个节点的有向哈密尔顿路径问题[1]，开创了DNA 计算的先河，DNA 计算以生物化学实验[2][3]为基础。因为 DNA 计算有着巨大的并行性和存储能力，所以利用 DNA 计算的方法将有可能有效地解决这类难题[4][5] 。近年来，已有学者提出解决该问题的 [6] [7] DNA 计算模型 。我们也曾给出粘贴DNA 算法——GraphColoring 算法 ，本文提出多级分 离技术，并使用多级分离装置对GraphColoring 算法进行改进。 1 多级分离技术 [7][8] 有关粘贴模型 的合并、分离等基本操作，我们已在文献[7]中作过介绍，这里不再赘 述。 使用粘贴模型中现有的分离操作，一步操作只能按照DNA 位串中某一位元的状态来分 离DNA 溶液；在解决实际问题时往往需要重复使用多次分离操作，效率不高。为解决这一 问题，本文提出了多级分离技术，并设计了一个多级分离装置的模型。 1.1 多级分离的定义 定义 1 多级分离（Multi-separation ） 设x 、x 、...、x 分别为存储混合物集合T 的第i 、i 、…、i 的个位元。根据预先指定 1 2 n 1 2 n 的x 、x 、...、x 的状态（“真”或“假” ），将存储合成物的集合T 分解为两个集合：+(T, x ,x ,…,x ) 1 2 n 1 2 n 和-(T, x ,x ,…,x ) ；其中+(T, x ,x ,…,x )表示至少包含一个x (i=1,2,…,n)为指定的状态的位串 1 2 n 1 2 n i 的集合，-(T, x ,x ,…,x ) 表示任何x (i=1,2,…,n)均与指定状态相反的位串的集合。这里，每 1 2 n i 一个x T F T F 、均可指定具体的状态 或 ，其中， 表示x 的状态为真； 表示x 的状态为 i x i x i x i i xi i 假。 1.2 多级分离装置模型 为了使多级分离操作得以实施，本文设计了如图1 所示的多级分离模型，利用该装置可 -1-