基于牙鲆RNA_seq数据中SSR标记的信息分析_李超.pdfVIP

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2015-09-26 发布于重庆
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基于牙鲆RNA_seq数据中SSR标记的信息分析_李超.pdf

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基于牙鲆RNA_seq数据中SSR标记的信息分析_李超

文章编号:1004 － 2490 (2015)02 － 0122 － 06 基于牙鲆ＲNA- seq 数据中SSＲ标记的信息分析 1 2 2 2 1 1 3 ，，，，，，李超侯吉伦王桂兴张晓彦刘永富童爱萍刘海金 (1．， 201306 ; 上海海洋大学水产与生命学院上海 2．， 066100 ; 中国水产科学研究院北戴河中心实验站河北秦皇岛 3．， 100141) 中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心北京 : (Paralichthys olivaceus) (ＲNA-seq)， MicroSAtellite (MISA) 1 摘要通过对牙鲆进行转录组测序利用软件对～ 6 、 10 bp 。，， 42 183 个碱基重复碱基数在以上的微卫星进行鉴定结果表明牙鲆转录组水平上共发现个 SSＲ， 26 457 Unigene ， 27． 12% ， 339 /Mbp 。 SSＲ位点分布在条上发生频率为平均密度为个获得的一共有 216 ，， 17 570 ， SSＲ 41． 65% 。种重复基元其中二核苷酸重复基元类型数量最多共有个占所鉴定总数的同时用SPSS statistics 20． 0 软件对牙鲆转录组SSＲ的多态性进行了评估。 : ; ;SSＲ关键词牙鲆转录组测序标记中图分类号:S 961． 6 文献标识码:A 简单重复序列(simple sequence repeat ，SSＲ) 体在特定时刻和特定组织的全局基因表达情况， (microsatellites)， 1 ～ 6 、、，也叫微卫星是由个核苷酸具有测序速度快通量高成本低等优点可以用为单位构成的串联重复序列［1］。SSＲ广泛分布、、 SSＲ来发现新的转录本比较基因表达水平挖掘， (single nucleotide 于真核生物基因组上因其重复单位大小和序列和单核苷酸多态性， SSＲ polymorphisms ，SNP) ［15 － 16］。，的不同以