植物功能基因组研究中的基因敲除技术.pdfVIP

植物生理学通讯 第40卷 第1期，2004年2月 12 1 植物功能基因组研究中的基因敲除技术 1 2，* 2，** 1 陈其军 肖玉梅 王学臣 周海梦 1 2 清华大学生物科学与技术系，北京 100084； 中国农业大学生物学院植物生理生化国家重点实验室，北京 100094 Gene Knockout in Plant Functional Genomics 1 2,* 2,** 1 CHEN Qi-Jun , XIAO Yu-Mei , WANG Xue-Chen , ZHOU Hai-Meng 1Dep artment of B io log ical Science and B iotechnology, Tsinghua University, Beij ing 100084; 2 The National Key Laboratory of Plant P hysiology and B iochemistry, College of B io log ical Sciences, China Agricultural University, Beij ing 100094 提要 综述了T-DNA插入突变和转座子插入突变等基因敲除技术的原理及其在植物功能基因组研究中的应用，并简要 介绍了向国际有关机构索要或购买拟南芥插入突变体的方法。 关键词 基因敲除;功能基因组; T-DNA插入突变体;转座子插入突变体 随着拟南芥等模式植物和水稻等作物的基因组 的T-DNA转化可用于不同的植株中进行插入突 序列测定工作相继完成，大量新基因 （novel变。使用T-DNA插入突变的优点有：（1） 能 genes，与已知基因同源）和功能未知基因 直接在基因组DNA中产生稳定的插入突变，不需 （unknown genes，与已知基因没有同源性）的功 要额外的步骤来稳定T-DNA插入序列；（2）尽 能有待鉴定。例如，拟南芥是第一个完成基因组 管最近的研究表明，T-DNA标签在拟南芥基因组 测序的开花植物，但其中90％以上基因的功能仍 中的分布并非完全是随机的，而是偏好插入基因 [1] [3] 未研究 。采用反向遗传学鉴定基因功能是基因组 密度高的染色体区以及基因的5’和3’调控区 ， 计划由结构基因组学过渡到功能基因组学的必然要 但这种偏好性并不影响用T-DNA插入突变位点来 [2] 求 。研究手段包括基因的互补实验、超表达、 饱和基因组。另一方面，T-DNA插入突变也有 反义抑制、基因敲除、基因诱捕、基因激活等手 不利的因素：它只适用于那些容易被T-DNA转化 段。其中基因敲除技术 （又称为无义突变，null的植物；T-DNA整合还会出现一些复杂的模式， mutations）可为基因产物的功能提供直接证据， 如T-DNA边界的质粒序列随T-DNA一起整合到基 其它研究基因功能的方法如基因芯片等多数只是相 因组DNA中，同一植物常常会有多个拷贝的插入 关性，不能证明基因序列和基因功能之间的因果 序列等复杂情况的出现，使得用PCR方法进行的 关系。目前基因功能的直接证据仍是来自对缺失 反向遗传学分析变得困难；此外，它常常会出现 相应基因的突变体进行的功能分析。基因敲除包 由T-DNA整合引起的各种染色体重排现象，以致 括定点敲除，T-DNA或转座子随机插入突变。 突变体表型与T-DNA插入无关，而难以对插入位 [2] 定点敲除 （即定点突变的方法使目的基因完 点进行遗传学分析 。尽管如此，但近年来发展 全失活）是最直接的研究基因功能的方法，但是 了农杆菌介导的T-DNA转化拟南芥的高效方法， 对开花植物而言，现在还没有高效、实用的定点 可以快速获得成千上万的拟南芥T-DNA插入突变