GenCenter一个基因综合信息数据集成系统.pdf

第 卷 第 期 复 旦 学报 （自然科学版） 45 5 Vol . 45 No. 5 年 月 （ ） 2006 10 Journal of f udan University Natural science Oct . 2006 文章编号： （ ） 0427-7104 2006 05-0599-05 ：一个基因综合信息数据集成系统 GenCenter 1 2 1 2 李 杨 ，曹顺良，曹文君 ，李亦学 （ 复旦大学 计算机与信息技术系，上海 ； 上海生物信息技术研究中心，上海 ） 1. 200433 2 . 200235 摘 要： 集成了已被实验验证以及功能已经明确了的基因信息，增加了基因相关的核酸序列、蛋白质 GenCenter 结构、专利以及与该基因相关的疾病、药物与文献等信息. 描述了GenCenter 的体系结构、数据库构成、关键技 术、功能. 关键词：基因； ；文本挖掘；生物信息学 GenCenter 中图分类号： 文献标识码： TP 311. 135 . 1 A 很多疾病与基因突变或基因多态性有关，随着人类基因组计划研究的深入，在了解了人类全部基因在 染色体上的位置、序列特征以及它们表达规律和产物特征以后，就可以有效地判定各种疾患的分子机制， 进而发现合适的诊断和治疗手段 通过生物信息学手段对基因进行分析并与生物表型、致病机制和其他生 . 命现象相关联可以得到与疾病相关的基因的信息和生物制药产业知识，并使其成为技术创新的源泉. 从目 前的研究来看，一些困扰人类健康的主要疾病，例如心脑血管疾病、糖尿病、肝病、癌症、老年痴呆症等都与 基因有关，可以依据已知的基因序列和功能，找出这些基因并针对相应的靶位进行药物筛选，甚至还可以 基于已有基因知识来设计新药. 所以，研究与设计一个包括已知基因的序列、功能、相关文献等信息以及与 基因相关的疾病、药物的信息集成系统就显得非常重要了. 虽然绝大多数生物数据都能够在线获取，但是它们并不存储在同一地点的同一数据库中 相反地，它 . 们分布在采用多种数据模型和数据格式的多个数据库中 在许多情况下，为完成一项工作，研究人员经常 . 需要访问分布在网络不同位置上多个数据源的数据 而且，一方面 上可以获得的生物数据信息爆 . Internet 炸式的增长，另一方面数据库的异构性和不同的实现方式使得从多个数据库中获取所需要的信息变得越 来越困难. 这就为生物信息学开辟了新的研究领域：集成异构的生物信息. ［］ ［］ ［］ ［］ ［］ GenCenter 是集成了 1 ， 2 ， 3 ， 4 ，