SLAF-seq技术原理及应用.pdf

从全基因组标记揭开遗传奥秘 ——简化基因组测序技术在基因定位等领域的应用 北京百迈客生物科技有限公司 从全基因组标记揭开遗传奥秘  遗传学研究步入高通量测序时代  Sequencing less, offering more （SLAF-seq）  SLAF-seq——从功能基因到群体遗传学  Why Biomarker? 遗传学研究步入高通量测序时代 过去 DNA变异 从今以后 是遗传学研究的核心 基于电泳的分子标记反  功能基因 高通量测序（NGS）直 映了DNA序列的变异：  遗传模式 接读取DNA序列变异：  SSR等标记数量少  遗传育种  检测所有变异  电泳分辨能力弱  自然/人工选择  准确性高  费时费力  全基因组关联分析  机械化操作  ……  ……  …… NGS: Next/New Generation Sequencing 高通量测序解析酵母极端分离群体复杂性状 •研究酵母对17种化合物的抗性； •BY和RM株杂交，使用化合物处理杂交后代，挑选极端分离子代； 7 •每个DNA pool （混池）含酵母细胞10 个，测序覆盖度为180 ×以上。 高通量测序解析酵母极端分离群体复杂性状 该方法既适合简单性状又适合复杂性状 • a 图为简单性状（质量性状） • b 图为复杂性状（数量性状） 高通量测序解析酵母极端分离群体复杂性状 • 定位精细，通过基因 注释，可以直接确定 候选基因； • 定位灵敏、准确，将 RM 亲本中的RAD5RM 替换为RAD5BY ，重 新杂交产生后代， RAD5峰消失（如 RAD5 Fixed所示）。 高通量测序筛查拟南芥突变位点 •野生型亲本，群体中100株突 变子代DNA pool ，测序覆盖度 25 ×； •鉴定出突变区域中存在一个碱 基的InDel ，造成了移码突变； •识别单碱基差异，可以直接获 得突变位点信息，并预测蛋白 质水平差异。 遗传学研究进入高