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目 录
略词表 1
摘 要3
Abstract 5
第一章 引言9
1.1 研究背景9
1.2 国内外研究现状 10
1.2.1 传统序列比对算法 10
1.2.2 短串序列比对工具 11
1.2.3 序列比对算法并行加速 12
1.3 研究的目的和意义 14
1.4 研究内容和主要贡献 15
第二章 基于GPU 的序列比对算法评价 17
2.1 基于GPU 计算的比对算法概述 17
2.2 评价方法 19
2.3 评价结果21
2.3.1 准确度2 1
2.3.2 性能功耗比22
2.3.3 性价比24
2.3.4 编程复杂度25
2.3.5 短串比对工具测试25
2.4 结果讨论27
第三章 基于CUDA 的BLASTN 加速研究29
3.1 CUDA 编程概述29
3.2 BLAST 算法流程31
3.2.1 序列过滤31
3.2.2 寻找种子31
3.2.3 不允许空位延伸32
3.2.4 允许空位延伸34
3.2.5 回溯输出34
3.3 CUDA-BLASTN 设计与实现34
3.3.1 移植对象的选择34
3.3.2 算法流程设计35
3.3.3 任务划分38
3.3.4 存储器访问优化40
3.3.5 多GPU 计算42
3.4 CUDA-BLASTN 性能测试43
3.4.1 测试环境与材料43
3.4.2 测试结果44
3.5 讨论46
第四章 GHOSTM 并行化研究49
4.1 GHOSTM 简介49
4.2 基于MPI 的GHOSTM 加速51
4.2.1 设计与实现52
4.2.2 结果测试53
4.3 基于Hadoop 的GHOSTM 加速55
4.3.1 Hadoop 简介55
4.3.2 Hadoop 与CUDA 整合58
4.3.3 Hadoop-GHOSTM 设计与实现59
4.3.4 结果测试62
第五章 总结与讨论65
参考文献67
插图索引75
表索引76
附录A CUDA-BLASTN 程序说明77
附录B mpiGHOSTM 测试81
附录C Hadoop-GHOSTM 测试83
文献综述87
发表论文99
个人简历 111
致 谢 112
略词表
英文缩写 英文名称 中文名称
GPU Graphic Processing Unit 图形处理单元
CUDA Compute Unified Device Architecture 计算统一设备架构
BLAST Basic Local Alignment Search Tool 基本局部比对搜索工具
MPI Message Passing Interface
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