LSU+nrRNA二级结构模型在广义半翅目系统发育的研究中的应用.pdfVIP

摘要 摘 要 LSU nrDNA基因是系统发育推断中使用频率很高的分子标记。但是在这个基 因中有一些区段的长度在不同类群中变异性很大，我们称其为长度可变区。这 些长度可变区可以影响序列比对，在广义半翅目的系统发育中也可能造成影响， 所以我们必须弄清广义半翅目中LSUnrDNA的长度可变区以及LSUnrRNA的二 级结构。 本研究利用LSUnrDNA基因对广义半翅目五个亚目及异翅亚目七个次目的 nrRNA的二级结构对于系 代表类群的系统发育关系进行探讨，并发现构建LSU 统发育推断的重要性。论文分为以下四个部分： 第一部分，简要概述了广义半翅目和异翅亚目的系统发育研究现状，以及 LSU nrDNA基因和LSUnrRNA二级结构的生物学背景和研究简况。还介绍了本研 究的选题依据。 第二部分，简要介绍本论文的实验材料和方法，包括研究类群的选取，引 物的设计，和具体实验步骤，以及数据分析方法。 第三部分，介绍本论文的研究结果，包括所得数据的分析，二级结构的推 测，以及系统发育树的构建。本论文对选取的广义半翅目中12个代表种测定了 LSU nrDNA基因全长，再加上GenBank中下载的四条序列共同形成了序列长度为 4882bp的数据集，通过贝叶斯法构建系统发育树，发现该树与传统的系统发育 推断出入很大。通过RNAstructure软件对LSUnrRNA二级结构进行分析，找到 29个长度可变区，其中有19个可变区会大尺度的影响比对结果，将这些长度可 变区去掉后再通过贝叶斯法构建系统发育树，得到了对广义半翅目的良好的系 统发育推断。从而证实构建LSUnrRNA的二级结构对于系统发育推断的重要性。 第四部分，总结本论文的研究结果和不足的地方，并提出改进措施和展望。 关键词：广义半翅目 异翅亚目 分子系统学二级结构长度可变区 Abstract Abstract TheLSU oneofthemost molecular nrDNA(28S)is frequentlysequenced markersin ofcertain inthis studies．However,thelengths regions gene phylogenetic callbe arenotconservativedifferent andsometimesthedifference among groups variationsarenamedas variable LVRforshort． length length regions，or hllge．These Thesevariable canaffectthe of makes regions accuracyalignment．Thisphenomenon aserious in itis thedistributionof necessaryclarify alignmentproblemHcmiptera．So variable in andthe structureofLSUnrRNA． regionsHemipterasecondary Inthis studiedthe of and