多序列比对、进化树、.ppt

基础生物信息学及应用 王兴平 内容： 多序列比对 多序列比对程序及应用 第一节、多序列比对（Multiple sequence alignment） 概念 多序列比对的意义 多序列比对的打分函数 多序列比对的方法 1、概念 多序列比对（Multiple sequence alignment） align multiple related sequences to achieve optimal matching of the sequences. 为了便于描述，对多序列比对过程可以给出下面的定义：把多序列比对看作一张二维表，表中每一行代表一个序列，每一列代表一个残基的位置。将序列依照下列规则填入表中： （a）一个序列所有残基的相对位置保持不变； （b）将不同序列间相同或相似的残基放入同一列，即尽可能将序列间相同或相似残基上下对齐（下表）。 2、多序列比对的意义 用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个分子家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。 用于描述一组同源序列之间的亲缘关系的远近，应用到分子进化分析中。 序列同源性分析：是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。 其他应用，如构建profile，打分矩阵等 3、多序列比对的方法 手工比对 在运行经过测试并具有比较高的可信度的计算机程序（辅助编辑