《001 MS建模问题集锦-小木虫》.pdf

一 如何构建水体系，有机溶剂体系 2 问题1：MS 的Amorphous cell 使用出问题 2 问题2 ：怎么在MS 中建立一个64 水的盒子 4 问题3 ：MS 中如何选择体系中的水分子 5 问题4 ：MS 中的castep 模块金属表面水分子模型的建立 5 问题5：模拟水溶液中有机物或有机离子在金属表面的吸附问题 6 二：结构优化 6 问题1：MS 中forcite 模块与discover 模块中的结构优化有什么区别？ 6 问题2 ：在MS 中用哪个模块进行优化结构 6 问题3：用分子模拟吸附剂的吸附过程 7 问题4 ：MS 中切面几何优化和原子之间的配位 8 问题5：如何在Dmol3 模块中实现定向优化 9 问题6：MS 能量最小化出错 9 二：力场选择 10 三：吸附模拟 10 问题1：MS 中sorption 模块的MC 计算 10 问题2 ：主族金属氧化物切面做吸附小分子要不要考虑自旋极化? 12 问题3 ：晶体表面吸附的选择性方向弛豫 13 四：模块使用 13 问题1：CASTEP 输出有几点看不懂 13 问题2 ：那位高手能够介绍一下MS 中CASTEP 的势能模型的适用范围？（分子模 拟论坛） 14 问题3 ：CASTEP 能算pdos 的自旋情况吗 15 问题4 ：在用CASTEP 计算材料空位缺陷时，如何才能实现只取一个空位 15 问题5：在CASTEP 计算中，k point 设置不同，对计算结果有什么影响？ 15 问题6：CASTEP 中几何优化问题 16 问题7 ：MS castep 的几个empty band 问题 16 问题8：如何在CASTEP 中实现电荷密度图示 20 问题9 ：能带计算（系列） 20 问题10：Dmol3 计算动力学无法收敛 22 问题11：如何在Discover 计算中分别对相同环境原子分配不同力场类型 23 问题12：如何在CASTEP 计算中限制某个原子的移动方向 23 问题13：如何使用DMol3 进行动力学计算？ 28 问题14：如何在Dmol3 中考虑溶剂化效应 30 五：软件安装 31 问题1：安装步骤（windows 版） 31 问题2 ：license 问题 32 问题3 ：gataway 问题 32 六：综合 34 问题1：建模 34 问题2 ：价态 38 问题3 ：停电处理 39 问题4 ：求电导 40 问题5：切平面时如何切出矩形平面 40 问题6：如何使用XRD 数据快速建立相关的晶体结构 40 一 如何构建水体系，有机溶剂体系 问题1：MS 的Amorphous cell 使用出问题 Q:用MS 的Amorphous cell 建个含水和有机分子的体系，再用build- layer 加到金属表面。建 不起来，我分子是用高斯优化的，然后用GV 另存为MOL 引入MS 的，水是直接在MS 中 画的再minimize 得，只建含200 水分子可以建。出如下错误。 点Yes ，出现 继续点Yes ，则出现 A： 选择的力场没有你要建立的盒子的力场参数，可以把缺少力场参数的原子换成有力场参数的 原子，建好盒子后，再换回来。 Q： 怎么看哪些原子缺力场？用label-force type 吗，我看了全分配的有力场啊，我那分子就 CNHO 原子会有缺力场的？ A: MS 画有机分子，水。分配compass 力场，AC 建盒子就行了，没有必要用高斯，这有 点像用一电锯去吃牛排:) Q: 因为我文章前面用高斯算了参数，也就是找有机分子的吸附位点，模拟时用MS 剑的话， 优化分子会和高斯优化的分子有结构差异，没什么说服力，所以模拟时也想用相同的结构就 只能导入高斯优化好的结构了。 A