纳米颗粒与境水结构对蛋白质构象影响的分子动力学模拟研究.pdf

摘要 蛋白质是生命活动的基本单元。活体细胞的每一项功能的实现都离不开蛋白质。 而蛋白质的这些丰富功能基本上由其结构决定。对于蛋白质结构的研究，能极 大的促进我们对于生物细胞功能的实现过程的了解，对于人类的医疗健康、生 产生活都具有重大的意义。另一方面，作为一个重要的研究手段，计算模拟技 术己广泛的应用到蛋白质结构与结构转变的研究领域中去。相对于实验，它常 常对环境要求低、操作简单、消耗小、研究周期也短。而且在很多的时候，它 能得到实验所不能得到的结果，达到与实验互补，从而使我们能更加深入的洞 察蛋白质动力学的奥秘。 在本论文中，我们使用分子动力学模拟的方法来研究与蛋白质构象转变相关 的问题，重点是纳米颗粒对蛋白质构象的影响进而导致功能的改变与水分子在 蛋白质构象中的作用等。对于不同的问题，我们选择了包括经典的类G6模型、 基于类G6模型的去溶剂化改进模型、以及全原子模型在内的不同模型进行研 究。具体来说本论文共分为七章： 第一章，我们对于蛋白质的组分与结构进行了简单的综述，提出了在我们论 文中将要涉及的蛋白质构象转变相关的问题，并简要的描述了当前研究这些问 题的一些常用的实验与计算机模拟方法。 第二章，我们使用经典类G6模型研究有序水对蛋白质折叠的影响。所谓有