几类π相互用的理论研究.pdf

摘要 7r相互作用在自组装、蛋白折叠、DNA碱基堆积、分子识别及晶体包装等诸多学 科领域中起着非常重要的作用。其中，与生物蛋白体系相关的各种7r相互作用，包括 7r一丌、7r一盯、7r-阳离子和丌-二硫键等，对蛋白结构的稳定、蛋白的活性等具有极其重要的 作用。目前无论是实验还是理论，对7r相互作用的本质还没有统一的认识。本文将系统 与生物蛋白体系相关的几类7r相互作用的表现。 苯．苯是7r．7r相互作用的经典体系，其二聚体有6种可能的构型，即S型、T型、PD 型、TT型、CT型和V型。本文采用密度泛函方法和分子力场方法系统研究了各种构型 的势能曲面、相互作用能(‰)以及相互作用质心距(忍)，并与高精度从头算的结果 进行对比。研究表明：(1)高精度从头算的结果显示，6种二聚体构型的稳定性顺序是： kc舢nol， MAD(见)=o．08A)；(3)对于分子力场方法，某些力场可能对某几个构型有很好的表 现，但没有一种力场方法可以同时描述好6种苯．苯二聚体间的相互作用。 除了苯基外，生物蛋白分子残基上还可能有吲哚和咪唑等芳香性基团。关于芳香性残 基间以及与其他残基间的作用，目前的理论研究还相对较少。计算结果表明：(1)7r．阳离 子间的相互作用能可高达-23．16 键等作用；(2)7r．盯和伽二硫键都有一定程度的相互作用，部分7r．口(苯鹏I哚／咪唑．H20 和吲哚．H2S)的作用能超过了苯．苯二聚体；(3)所有分子力场的表现都不尽如人意，甚 至在定性上都是错误的。 关键词：7r相互作用；密度泛函理论；分子力场方法；苯．苯二聚体；芳香性7r分子 Abstract Itiswell-knownnlat7rinteractioIlSa rolein playsigmficantselfaLssembly，proteinfolding， D_NAbaSe alld are 7rn recogllition many pair鼬∞妇g，molecular c巧stalpacl【i】呜，etc．There bondintera以onsiIl 7r—dislllfide teractionS，i11clu曲197r-7r，7r-盯，7r—cation觚d biologicalproteiIlS， wIlicha rolehl of也e meirac缸vi— playm勾or detemliniI喀tlle虹bilit)rprotein蛐mctures，and ties．T0 nan脱of丌砷eractionShasnot underst00d．In have date，the beeIl伽ly mis也esis，I ofSome mestigated妣p触cesmod锄de璐i够劬ctionalmeory(DFD 夥Stem撕cally metllodS someforce field(FF) models on吐lose7rinter2lction iIlcluding models． Benzene of7r一7r