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环肽纳米管作为跨膜水通道的分子设计 中文摘要 中文摘要 跨膜水通道在生物体内和工业生产中发挥着不可或缺的重要作用，探究水在 这些微孔道中的动力学特性有助于在理解生物活性、设计新型渗滤材料和纳米器 件等。受限在在纳米尺度的管腔中的水分子在结构及运动性能上都同宏观下有很 大差别。本文设计了一系列由D。L．交替肽环平行堆叠形成的纳米管，即环肽纳米 管(cyclicPeptide 究水在此类纳米跨膜通道中的结构、能量效应和传输性能等。 50 布以一种新奇的1．2．1．2file存在，形成了一种奇特的氢键网络，这种结构完全不 同于其他的水链形式。The ofmean potential force(PMF)分析表明形成这种奇特结 构的主要原因是管壁的几何造型所囿。计算发现在两侧管口附近水分子呈现强的 偶极定向作用，水链的偶极在两侧相对。在管中某个位置出现反转，氢键网络中 出现D．缺陷。 设计了三个长度相等但管径各异的跨膜聆汀体系，8×(WD闷．4,JPOPE，高精 度的MD模拟分析得到了三种管径中的水链结构和微观动力学性能。分别呈现单 链，1．2．1．2file和接近本体水的结构，水分子间的运动相关系数分别为O．4、O．2 和0．03。水分子个体的和水链集合坐标的扩散运动均为无偏的布朗过程，从均方位 移VS时间间隔之间良好的线性关系计算得到了三种不同管径的PNTs中的扩散系 数和传输系数。此外，对在给体系施加了一定强度的跨膜渗透压，实施了非平衡 MD模拟，获得了净的水流速(，)及与平衡MD模拟得到的相一致的渗透传输系数 融。分析了三种管径的PNTs中的渗透传输系数融和扩散传输系数肌的比值 慨／Pd)。 (~r‘0)，而不是宏观的反比或普遍认可的无关。能量分析发现在PNT内部存在若 干水分子的能垒，其高度约为～3b丁，这合理解释了肼与上的平方反比关系。肌同 管长的关系为～Z正8，这与由水在管中奇特的1．2．1．2结构相吻合。在模拟所及的 精度内，这两个参数对三皆为平方反比关系，且其比值大约为一常数。对三个不 中文摘要 环肽纳米管作为跨膜水通道的分子设计 同膜厚度的PNTs的另一系列模拟发现水传输同外界膜厚度无关，这是由于膜对管 中水的作用力太弱所致。对水传输起决定作用的是膜的种类而不是其厚度。 两组参数，传输速率和扩散系数，以及flow和netflux，都常用来描述水流的方 法。本文从纯数学上首次推导了一个联系两组参数的方程，并在碳纳米管中进行 了验证。MD模拟的结果同公式预测结果高度吻合。可由此方程进一步导出了flow 和net flux同温度压强的关系。 关键词：跨膜通道；水传输；环肽纳米管；分子动力学模拟 作 者：刘健 指导教师：樊建芬(教授) Il Water Molecular ofTransmembrane Modelling ChannelsBasedon Nanotubes CyclicPeptide Abstract Transmembranewaterchannelsfundamentalrolesin aswellasin play organisms has industrial ofwateracrossnanoehannels