栉孔扇贝(Chamys farreri)cSNP的开发及其在单倍型构建中的应用.pdf

在单倍型构建中的应用 摘 要 1．栉孑L扇贝SNP的筛选 bps之间，与预期一致的有187对引物。取PCR产物大小在7卜150bps之间的引物对 引物进行探针验证，可用于分型的有101个位点，探针的可用率为54％。 约为27646 bps，占总候选位点数目的17．4％，开发位点的密度相当于约630bps／SNP。 用青岛群体的48个个体对这44个位点进行遗传评价。位点的主要遗传参数显示： 组的转录区域变异度较高。 2．单倍型的构建 从数据库中选取采用48个青岛群体分型的SNP位点，将所在序列进行聚类得N8个 Block，长度在376_-2359 bps之间，平均长度为972 倍型的构建及单倍型频率的计算8个Block的单倍型及频率，单倍型的数量在8至U16之间， 位点的平均等位形式数目为12。 他5个区域的单倍型频率分布情况与C16019CHF和C5471CHF相似。 平衡关系。 关键词：栉孔扇贝，分子标记，单核苷酸多态性，转录组，高分辨率熔解曲线，单倍 型，PHASE2．1，连锁不平衡 The ofcSNPsin developmentZhikongscallop(Chlamysfa鹏rf) and constructionof transcriptome haplotype Abstract 1．SNPsi denti fi cati onforZhi seaII kong op Inthis hundred basedon454 ofthe research，fivecontigs sequencing of transcriptome Joneset selected and Zhikongscallop(Chlamysfarreri Preston)are randomly．thenprimers are for candidatesites．Twohundredand designed of ale probes fifty-nine pairsprimers takeaccountfor all ampliedsuccessfully,which65．8％ofthe sizesof designed．The products between70 and900 then of between70 and150 are bps bps，andprimersproducts bps bps individualsal picked．Six