蛋白核酸相互作用的支持向量机预测模型.pdfVIP

第27卷第2期 计算机与应用化学 V01．27，No．2 2010年2月28日 and Chemistry February，2010 ComputersApplied 蛋白．核酸相互作用的支持向量机预测模型 袁友浪1，刘亮1，钮冰1，陆文聪¨，蔡煜东2’ (1．上海大学理学院化学系，上海，200444；2．上海大学系统生物研究所，上海，200444) 摘要：与核酸作用的蛋白质在基因功能许多方面扮演着极其重要的角色，预测蛋白质是否与核酸作用在生物信息学 领域受到广泛关注。本文用氨基酸组成、氨基酸物化特性和蛋白质结构等信息作为特征参数，通过支持向量机方法 预测了与核酸作用的蛋白质。分别取与rRNA，RNA和DNA作用的3个蛋白质数据集，用SVM训练，筛选最优核函 数，优化核函数参数，建立分类判别模型，并用于预测蛋白质是否与核酸作用。结果表明：即使对同源相似性低于 预测正确率。用外部测试集测试所得模型分别有93．8％、84．2％、81．9