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2010 年第68 卷 化 学 学 报 Vol. 68, 2010 第20 期, 2029～2034 ACTA CHIMICA SINICA No. 20, 2029～2034 ·研究论文· HIV-1 蛋白酶与抑制剂作用的结合自由能计算 伊长虹a,b 张庆刚*,a (a 山东师范大学物理与电子科学学院 济南 250014) (b 山东交通学院数理系 济南 250023) 摘要 HIV-1 蛋白酶是治疗艾滋病的重要靶标酶之一. 采用分子动力学模拟, 运用MM-PBSA 方法计算了HIV-1 蛋白 酶与三个抑制剂BE4, BE5 和BE6 的结合自由能, 结果表明抑制剂P ¹ 1/ P 位置的苄基上双氟原子的不同位置对结合自由 1 能产生不同的影响. 通过能量分解的方法考察了 HIV-1 蛋白酶的主要残基与三个抑制剂间的相互作用与识别, 结果表 明三个抑制剂以相同的作用模式与HIV-1 蛋白酶结合, 计算结果与实验结果基本吻合. 关键词 HIV-1 蛋白酶; 分子动力学; MM-PBSA/GBSA; 结合自由能; 抑制剂 Study of the Binding Free Energies between HIV-1 Protease and Its Inhibitors Yi, Changhonga,b Zhang, Qinggang*,a (a College of Physics and Electronics, Shandong Normal University, Jinan 250014) (b Department of Mathematics and Physics, Shandong Jiaotong University, Jinan 250023) Abstract HIV-1 protease is an important target of AIDS chemotherapy. Molecular dynamics simulations followed by MM-PBSA analyses were performed to study the binding of inhibitors BE4, BE5 and BE6 to ¹ HIV-1 protease. The results show that positioning of the fluorine atoms on the benzyloxy group of P1/ P of