《基于WEB的关键蛋白质预测平台》.pdfVIP

第 12卷 第2期 生 物 信 息 学 V01．12NO．2 2014年 6月 ChineseJournalofBioinformatics Jun．，2014 doi：10．3969／j．issn．1672—5565．2014．02．02 基于 WEB的关键蛋 白质预测平台 郑瑞清，李 敏 (中南大学信息科学与工程学院，长沙410083) 摘 要：关键蛋 白质是指那些在蛋 白质相互作用网络中承担重要作用、移除后会使蛋白质复合物功能丧失并导致生物无法存 活的节点。随着蛋白质数据库的不断完善和高通量技术的发展，使得通过计算方法的关键蛋 白预测得到广泛应用。针对 目 前软件多为桌面应用程序、用户难以迅速适应的情况，本文设计并实现了一个基于WEB的关键蛋 白质预测平台Essential ProteinFinder(EPFinder)。该平台集成了DC、BC、CC、EC、LAC、SC和NC7种关键蛋 白质预测算法，还提供包含 SN、sP、PPV、 NPV、ACC、F和折刀曲线图在内的7种评估方法。平台对蛋白质网络图、算法运行及评估结果提供了可视化展示。该平台具 有 良好的扩展性。 关键词：蛋 白质网络；关键蛋 白质；WEB平台 中图分类号：Q753 文献标志码：A 文章编号：1672—5565(2014)一02—084—06 A W EB-basedplatform forpredictingessentialproteins ZHENG Ruiqing，LIMin (SchoolofInformationScienceandEngineering，CentralSouthUniversity，Changsha410083，China) Abstract：Essential proteinsarethoseproteinsplayinganimportantroleintheprotein—proteininteractionnetwork， andremovaloftheseproteinswillresultin a lossofprotein complexes function and death oforganism．The improvementofprotein databases and the development of the high—throughput technology have made the computationalmethodsbewidelyused inprediction ofessentialproteins．Becausethecurrentsoftwareismostly desktopapplications，itisdifficulttobeadaptedquickly．Therefore，thispaperdesignsand implementsanWEB basedproteinpredictionplatform，EssentialProteinFinder(EPFinder)．Itnotonlyintegratessevenessential proteinprediction algorithmslike DC，BC，CC，EC，LAC，SC and NC，butalsoprovides seven evaluation measures，includingSN，ACC，PPv，sP，NPv．F andachanofAUC．ThePlatform providesthevisualdisplayof protein—protein interaction network，resultsofalgorithmsand evaluations．Thisplatform isvery scalableasnew algorithmsandlayoutmethodscanbeaddedconveniently． Keywords：Essentialprotein；Protein-proteininterac