酶催化机理及其蛋白质折叠的研究.pdf

摘 要 本文属酶蛋白结构与功能的研究，主要分为两个部分：其一、以生物印迹方法制备 人工酶；其二、二态和三态折叠动力学的识别。前者是以实验为手段，后者则是理论研 究。 在制备生物印迹酶方面，利用蛋白质在水溶液中的柔性，分别采用两种方法对蛋白 质进行生物印迹：以热变性法对蛋清蛋白进行生物印迹，以及用溶解沉淀法对牛血清蛋 白进行生物印迹。进而，采用溶解沉淀法对鲱鱼精脱氧核糖核酸进行生物印迹。底物模 板采用苯甲酰一L一精氨酸乙酯、苯甲酰．L．精氨酸．对硝基苯胺、苯甲酰一L一精氨酸。 以紫外一可见光分光光度计分别检验生物印迹产物的催化活性。结果表明，两种印 迹方法印迹的三种生物印迹酶均具有催化能力，这意味着生物印迹方法在生物大分子结 构中形成了有效的活性凹洞。鲱鱼精脱氧核糖核酸的生物印迹也可提高其对水解反应的 催化能力，说明并不是只有蛋白质和天然核酶才拥有酶的活性。核酸在人工构建活性凹 洞后亦能显示出一定的催化活性。 在蛋白质折叠理论研究方面，蛋白质以两种动力学途径进行针对具有完全不同的折 叠速率、折叠中间态和折叠机理。如何识别折叠动力学途径是蛋白质折叠动力学研究的 基础。本文利用逻辑斯蒂回归和支持向量机来判N-态和三态蛋白质的折叠途径。我们 观察到，链长可以准确地识别三态蛋白质。112个残基的长度是两种折叠模型的过渡分 界线。来自氨基酸组成的逻辑预测显示，半胱氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、精氨酸、赖氨 酸在折叠动力学途径上起重要的作用，二硫桥和疏水核由于稳定了中间态，从而导致了 三态折叠行为。 关键词：生物印迹；人工酶；蛋白质折叠；二态和三态折叠动力学 ABSTRACT Thestudiesaboutthemechanismof and to enzymecatalysisproteinfolding，belonging structureand bedividedintotwo ofartificial protein function,may parts：(1)Preparation betweentwo—stateandthree—state enzymesbybio—imprinting；and(2)Recognition fomding kinetics．Theformerisbasedon latterisatheorticalresearch． experimentaltechnology；the Inthe of are preparationbio—imprintedenzymes，two bio—imprintingapproaches of albumin available：(1)bio-imprintingegg using of albuminbovineserunlalbumin bio-imprinting egg using using DNA is the process．Moreover，Herring sperm bio—imprintedusing substrate are process．The templates Benzoyl—arginine-OEt，Benzoyl-