《P53基因三周期性与密码子偏好性的相关性 Relation between the 3-base periodicity of P53 gene and codon usage bias》.pdfVIP

物理学报 Acta Phys. Sin. Vol. 63, No. 4 (2014) 048701 P53基因三周期性与密码子偏好性的相关性 王其强 谈承杰 朱平 (江南大学理学院, 无锡 214122) ( 2013 年9 月15 日收到; 2013 年10 月25 日收到修改稿) 为了进一步研究分析P53 抑癌基因的性质, 对P53 基因的蛋白质编码区以及对应的mRNA 的三周期性 进行比较分析. 通过同义密码子相对使用度和拟同义密码子相对使用度方法对其分别进行计算, 分析了蛋白 质编码区密码子的偏好性以及mRNA 密码子的偏好性. 结果表明: P53 蛋白质编码区具有很强的三周期性, 而对应的mRNA 不具有三周期性; P53 蛋白质编码区的密码子偏好G 或C 结尾的密码子程度强于对应的 mRNA. 说明P53 基因密码子的偏好性与三周期性紧密相关, 密码子的偏好程度影响着三周期性. 进一步从 生物角度诠释了P53 蛋白质编码区和对应mRNA 三周期性的异同. 结合P53 基因这一特性, 有助于提高其 基因识别的正确率, 对P53 基因的深入研究具有重要的意义. 关键词: 三周期性, 偏好性, P53 基因, 同义密码子相对使用度 PACS: 87.10.–e, 87.14.gk, 87.15.–v DOI: 10.7498/aps.63.048701 6 周期性, 是生物长期进化形成的 . 张静和石秀 1 引 言 7 凡 研究中发现三周期性是个全局性质, 序列中 局部具有三周期性, 那么该序列就具有三周期性. P53 基因是一种抑癌基因, 是迄今为止发现与 文献[8] 对P53 外显子三周期性的研究中, 发现其 人类肿瘤相关性最高的基因之一, 一半以上的人类 外显子具有三周期性. 对于P53 基因密码子偏好 肿瘤由P53 基因发生突变产生. 因此, 其已成为当 9 性的研究, 也已有很多成果. 石秀凡等 利用基 前生物信息研究中最受关注的基因. 在DNA 损伤 于氨基酸编码下的同义密码子相对使用度(relative 时, P53 蛋白就会增加, 阻止DNA 复制, 为DNA 修 synonymous codon usage, RSCU) 来分析密码子的 复争取时间, 若修复失败, 则诱导细胞凋亡. 如果 偏好性. 朱平等10 定义基于拟氨基酸下的同义密 P53 基因发生突变, 则细胞增生失去控制, 发生癌 变1 . 因此, P53 基因性质的研究中, 蛋白质编码区 码子相对使用度(quasi relative synonymous codon 及mRNA 密码子偏好性显得尤为重要. 基于P53 usage, QRSCU) 分析了P53 基因密码子的拟偏好 基因的重要性, 国内外很多学者对其开展了研究. 性. 这为本文