基于OpenCL的Lammps短程力算法优化研究.pdfVIP

CN43—1258／TP 计算机工程与科学 第 37卷第 9期 2015年 9月 ISSN 1007—13OX ComputerEngineering Science Vo1．37，No．9，Sep．2015 文章编号 ：1007—130X(2015)09—1614—07 基于OpenCL的Lammps短程力算法优化研究 赵成龙 ，施慧彬 ，俞忻峰 (1．南京航空航天大学计算机科学与技术学院，江苏 南京 210016 2．南京理工大学计算机科学与技术学院，江苏 南京 210094) 摘 要 ：Lammps是用于分子动力学模拟及其相关问题的一款开源软件 ，可利用其 了解 固体 、液体性 质 ，应用广泛。支持使用CUDA及 OpenCL进行GPU加速。因OpenCI具有跨平台特性 ，将其作为研究 重点。总结了OpenCL 内核编程中需要注意的设计原则并阐述了一种改进的阿姆达 尔定律用于衡量异构 平台理论加速性能。测试了Lammps短程力计算在 Y485P平台下的性能参数。通过对短程力计算中的 关键部分如邻接表的建立及短程力计算部分的 内核代码进行优化 ，使其取得 了更好的加速效果。 关键词：GPU；Lammps；OpenCL；分子动力学；短程力；内核优化 中图分类号 ：TP302 文献标志码 ：A doi：10．3969／．issn．1007—13OX．2015．09．002 Short_。rangeforcealgorithm optimization inLammpsbasedonOpenCL ZHAO Cheng—long ，SHIHui—bin 。YU Xin—feng (1．CollegeofComputerScienceandTechnology，NanjingUniversityofAeronauticsandAstronautics，Nanjing210016； 2．CollegeofComputerScienceandTechnology，NanjingUniversityofScienceandTechnology，Nanjing210094，China) Abstract：LammpsiSawidelyusedopensourcesoftwareformoleculardynamicssimulationsandre— latedissues，throughwhichwecan understand solidand liquidnature．ItenablestheCUDA and the OpenCL toacceleratecalculation．SincetheOpenCIhascross—platform features，itbecomesaresearch focus．W esummarizetheOpenCL kernelprogrammingprinciplesandproposeanimprovedAmdahlSlaw whichcanmeasuretheaccelerationperformanceon heterogeneousplatforms．Theshort-rangeforceal— gorithm inLammpsonY485P platform istested．W eachievebetteraccelerationeffectbyoptim izingthe kernelsourcecodesofthekeyparts，suchasneighbor—listbuildingandshort—rangeforcecalculation． Keywords：GPU ；Lammps；OpenCL；moleculardynamics；short—rangeforce；kerneloptimization AlderBJ和 WainwrightTE的硬球模型口]。随 引言