系统发生网络构算法研究.pdf

国内图书分类号：TP391 学校代码：10213 国际图书分类号：681 密级：公开 工工工学学学博博博士士士学学学位位位论论论文文文 系统发生网络构建算法研究 博士研究生：王娟 导 师：郭茂祖教授 申 请 学 位：工学博士 学 科：计算机科学与技术 所 在 单 位：计算机科学与技术学院 答 辩 日 期：2014 年3 月 授予学位单位：哈尔滨工业大学 万方数据 Classified Index: TP391 U.D.C: 681 Dissertation for the Doctoral Degree in Engineering RESEARCH ON PHYLOGENETIC NETWORK CONSTRUCTION ALGORITHMS Candidate: Wang Juan Supervisor: Prof. Guo Maozu Academic Degree Applied for: Doctor of Engineering Specialty: Computer Science and Technology Affiliation: School of Computer Science and Technology Date of Defence: March, 2014 Degree-Conferring-Institution: Harbin Institute of Technology 万方数据 摘 要 摘 要 系统分析是目前生物信息学领域最重要的课题之一。分子系统分析是通 过分析各生物分子序列之间的特征，进而构建出能阐明生物间进化关系的系 统树或者系统发生网络。系统发生网络是系统树的一般形式。系统发生网络 可以描述物种在进化过程中发生的网状进化事件（如重组），也可以表示多 棵系统树所隐含的冲突进化信息。因此如何构建系统发生网络是一个重要的 研究领域。为了研究系统发生网络构建算法，本文首先研究了序列间距离计 算方法，其次是基于距离的系统树构建算法及系统发生网络空间上度量的定 义，最后重点研究了基于有根系统树的系统发生网络构建算法。 本文的主要内容包括： (1) 提出了一种DNA 序列间距离计算方法——JCV 。 给定一组物种的DNA 序列，JCV 首先将每个物种的DNA 序列表示为一 个特征向量，然后基于特征向量计算物种间距离。计算得到的距离矩阵被用 于构建系统树，以此进行分子系统分析。JCV 绕过了计算多序列比对的复杂 性，故JCV 可以为任何长度大小的DNA 序列数据计算距离。同时基于JCV 方 法的进化分析避免了基于单个基因构建物种树的歧义性。 (2) 提出了基于距离的系统树构建方法——FastJoin 。 邻接法是一种基于距离的系统树构建方法，由于其精确性高及运行速度 快，被广泛使用。邻接法是基于理论：当输入的距离矩阵是完全可加时，通 过距离