序列比对算法custal解析及优化.pdf

摘要 摘要 多序列比对是现代生物信息学研究领域非常重要的核心问题。为了能够比对 多种相近物种之间的多条序列，我们迫切需要一种多序列比对工具。当前序列比 对的研究主要集中于基因组双序列比对，而有效的多序列比对算法只有少数几个， 而其中被公认为经典的软件要属CLUSLU。 本文对CLUSTAL程序中的算法做了详尽的研究。CLUS吖儿算法主要分为 三个步骤：两两比对，构建向导树和渐进比对，本文主要对其算法中的第一步与 第二步提出了一种有效的优化算法。在计算得分矩阵的时候使用Ukk．FA算法来 完成双序列比对过程，在构建向导树时使用快速NJ法构建向导树算法，而在第 三步进行渐进比对的过程使用原有的CLUSTAL程序中算法，进行多序列比对。 在多组真实DNA序列上的多序列集上进行的序列比对实验表明，本文提出 算法和原始CLUSTAL程序相比具有精度好，效率高的特点。而在构建向导树的 这一步中，实验表明随着序列条数的增加，构建向导树的时间性明显提高。 关键词： 多序列比对CLUSTAL快速NJ法构建向导树 序列比对算法CLUSTAL解析及优化 Abstract Ill Abstract isoneofthemost fundamentalectsin Multiplesequencealignment important subj modernbioinformatics．InordertO in alignmultiplesequencesmultiplesufficiently similar isan needforsoftwaretoolswhichcan morethan organisms，there align urgent two ofthecurrentresearchfocuseson sequences．However,most pair-wisegenome few can a available efficientlyalignmultiplegenomes， alignment，andonly applications andthemostclassics isCLUSTAL． application This researchesthe ofCLUSTALindetail．CLUSTAL paper algorithm algorithm includesthree treeand alignment，buildguide alignment， steps：pair-wise progressive for this aneffective itsfirstandsecond and paperpropose optimizationalgorithm steps． Ukk