病例-对照关联研究中基因对照方法的稳健性与改进的分析.pdfVIP

摘要 病例．对照设计是基因关联分析的一种有效方法。然而，潜在的群体结构 (群体分层和群体近亲婚配)可能会导致假关联从而影响检验的I型错误和功 效。为纠正此错误，统计学家们提出了基因对照方法(Gc)和丑中心化方法 (Dc)来分别修正群体分层(PS)和群体近亲婚配(cR)带来的影响。这 两种方法被很多文献证明是有效的并在遗传学中有很好的运用．在本文中， 我们提出并研究了基于GC和Dc方法的三种稳健性检验。除此之外，我们还 将DC和GC方法结合，提出了一种新的修改群体结构的方法，称为中心化的基 因对照方法(CGC)． 无论是GC还是DC都基于特定的遗传模型的假设。然而，在很多复杂疾病 情况下，遗传模型通常未知，故此我们提出了三种稳健性方法并研究了它们 在各种不同情况下的表现．我们的结论是：在遗传模型不可知时，三种稳健性 方法的功效要大大优于选错模型的GC或DC检验的功效。除上述结果以外。我 们还发现，在GR影响下，GC比Dc表现好很多；在PS影响下，Dc优于GC。然 而在实践中．很难通过给定的病例．对照数据来确定其究竟属于哪一种群体结 构，故提出一种能同时修正Ps所带来的偏差和CI％带来的方差偏离的方法是十 分必要的。故此我们提出了一种叫做中心化的基因对照方法(CGC)．此方法 的特点是其融合了Gc和DC方法因而能同时修正Ps和CR带来的影响。我们的 研究表明，无论是在哪种群体结构的影响下，CGC检验的表现总是令人满意 的． 关键词：Cochran-ArmJtage趋势检验，群体近亲婚配，群体分层．稳健性检验。 基因对照，矗中心化，中心化的基因对照． Abstract isan and de- Thecase-controlassociation efficient study potentiallypowerful whichtestsfor associationarise association．However，aspurious may sign genetic tolatent relat- due structures：population cryptic population stratification(PS)or methods．which8re statistical called％genomiccontrol(GC)and ed蝴CCR)．Two to forPSand delta been correct CR centralization(DC)havegenerated respectively． methodhasbeen tobewen this Either bymany pro- proved papers．Inpaper，we robustmethodsand their undervarioussituations． vide*three studyperformances alsocombine DC to anewmethodcalled Besidesthis．We GCand p