蛋白质的结构型、拓扑结构以及其mRNA序列和蛋白质二级结构关系研究.pdfVIP

_一一?卫竺一竺一?一一一?一一一?--一一一一一 —一 摘 要 论文围绕 “蛋白质的结构型、拓扑结构以及mRNA序列与蛋白质二级结构 关系的研究”这一主线展开，全文分五个部分。 第一部分:蛋白质结构型的定义。提出紧结构域的概念:山二级结构主序 列中一段或几段连续的。螺旋和p片构成的空问紧密堆集的最大折叠体称为紧 结构域。利少}J三种紧结构域 (a域，p域和二/p域)定义球蛋白的五种结构型: 。型、p型、u/日Zkq、多域和酬只。将 1261个有代表性的蛋白质(包括 1022 家族)进行分类，并和SCOP库的分类作了比较。洲、一 第二部分:蛋白质结构型的识别。琳蛋白质的二级结构主序列出发，提出 了冗余的概念，定义了冗余数量和长度，给出了不同结构型蛋自〕已余数量和长 度的分布特性。统计结果表明。类蛋白中30%、p类蛋白中84%、。/p类蛋白 中95%的序列不同程度地存在冗余，兀余数量和兀余长度主要分布在 1一3的范 围。利用二级结构参数给出了五种结构型的预测力一案，预测成功率为86%。给 出了G型、日型、Q/日型、多域型蛋白质二级结构主序列六联体的分布规律。 以蛋白质二级结构 1序列三联体为参数，利川MhaalnaboiS距离方法对仁述四 种结构型的蛋白质进行预测，顶测的总体准确率为8ry01;以蛋白质二级结构主序 列中六联体的频数构成蛋白质的多样性源，利)}J多样性增量极小化对上述四种 结构型进行预测，预测的总体准确率为8y03c。_[述结构型预测方法也适于顶测 紧结构域。 第三部分:蛋白质的框架结构的构建及拓扑结构预测。1从蛋白质二级结构 主序列出发，讨论了Q/日类、日类和。类蛋白质的框架结构，发现这些蛋白质 的标准框架结构皆由一些基木单元组合而成，并且遵循一定的构建规则，指出 结构模式皆在二级结构序列基础土决定，因而可从二级结构序列预测框架结构。 定义了二级结构参数，力利用这些参数给出了打，扑结构的预测规则户 第四部分:同义密码子的反常蛋白质二级结构偏好性和反常密码子对。统 计分析了191个人、92个大肠杆菌蛋白质的呱NA)字列和蛋白质二级结构的关系， 从二肤频数出发，研究厂同义密码子使用对蛋白质二级结构的影响，证明了同 义密码子使用对蛋白质二级结构影响的程度在01%到02%的量级。对于人和大 博 {论义:蛋自质的结构型、打1扑结构以及mRNA序列’j蛋自质 一级结构关系的研究 肠杆菌，400对二肤，卜，在90%置信水平 卜分别有79对和6。对、在95%置信水平_卜 分别有45对和36对氨丛酸，它们对应的密码子一联体具有不同于氨基酸的反常 二级结构偏好性，并且这种反常不能归因于随机涨落。找到了置信度达95%以上 的密。。子，寸信号，。、发现这些、言号具丫、[。，:的物、中依赖It0)。 第五部分:密码子RSCU和转译速率对蛋白质二级结构影响的分析。乡先研 究了正常和反常密码子对的转译速率和RSCU对编码蛋白质二级结构的倾向性， 发现反常密码子对倾向编码规则结构。着重分析了密码子三联体和四联体的转 译速率和RSCU对蛋白质二级结构的影响，据密码子三联体和四联体在不同二级 结构中的频数分布，发现对于人和大肠杆菌都有:高转译速率时倾向编码a螺旋、 不倾向编码coil;低转译速率时倾向编码coil、不倾向编码a螺旋的特征:p片则 随转译速率表现出明显的振荡。在一个二级结构内部，密码子在不同段的转译 速率一般也是不均匀的。这些结果说明，蛋白质的二级结构可能不完全决定于 氨基酸序列，也和转译速率有关。)、 关键词:蛋白质的结构型，二级结构序列，紧结构域犷框架结构丫拓扑结构气; 肤链折迭，mRNA序列，同义密码子，转译速率，二级结构编码 J.. ‘一困白曰 助}论文 蛋自质的结构)s-J,拓扑结构以及mRN八序HIjt自质，级结1吵鱼些竺兰〔 作 者 论 文 目录 (1999.9- 2002.7) 1. Proteins:StructureFunctionandGenetics 39:9-25(2000). LuoLiaoFu,LiXiao