基因芯片分析理论和方法.ppt

基因芯片分析的理论与方法 基因芯片分析的概念 基因芯片(Gene chip)技术是指通过微阵列(Microarray)技术将高密度DNA片段阵列通过高速机器人或原位合成方式以一定的顺序或排列方式使其附着在如玻璃片等固相表面，以荧光标记的DNA探针，借助碱基互补杂交原理，进行大量的基因表达及监测等方面研究的技术。 基因芯片分析的优点 快速 高通量(104 - 106) 自动化 使用的试剂少 低成本 基因芯片分析的应用范围 Academic research of genetic diseases Cancer Prenatal genetics（产前遗传学研究） General genetic diseases Infectious diseases Drug discovery Animal farming/veterinary Industrial (fermentation) Environmental 发展的方向:从多角度研究揭示生命现象 Stages: developmental,transformation, time fter treatment, etc. Treatments (stimuli, drugs, nutrients, etc.) Physiological states (stressed, fasting, etc.) Tissue distribution (position, 3D) 基因芯片的发展是推动系统生物学发展的动力 利用基因芯片研究生命现象的测略 Factors involved = Components Order of events = Pathways Interactions = Circuit 基因芯片的分类 基因芯片的分类 Oligonucleotide array – Synthesized on a chip（ Affymetrix） – Spot on a solid matrix（ Compugen） cDNA array（ Incyte ） 一些发展中的基因芯片技术平台 利用生物分子的电物理特性进行基因表达监测：监测速度很快，适用于基因表大，蛋白质组及基因型的研究 利用电场原理进行高密度芯片生产：基于适合用于生物学的集成电路，集成电路包含可以独立寻址的微电极阵列，结合特殊的液体流动系统，可以使大部分生物分子按照来自于计算机的数字指令运动。 喷墨点样技术：以高度定位的形式把合成好的寡核苷酸分子喷点倒玻璃表面。 寡核苷酸包被的微珠芯片 平行信号测序技术：对基因表达进行定量分析 基因芯片分析的主要步骤 cDNA基因芯片分析的主要步骤 cDNA芯片分析的主要步骤 Spot by Array spotter cDNA芯片分析的主要步骤 Hybridizing by Automatic hybridization processor cDNA芯片分析的主要步骤 Laser scanner Oligonucleotide array 的特点 Oligonucleotide array 的优越性 芯片分析数据的标准化 Quantitation data-quality assessments 背景处理：图像上各点的吸光度值包含了样品和背景信号，在提取数据前必须将背景扣除 杂交点质量：由于点样或膜变形等原因目前较多的软件对杂交点的识别定位仍需要人为的调整 数据的标准化：其目的是避免基因芯片实验中因系统差异造成芯片间数据比较的困难。最常用的是“看家基因”法，它预先选择一组表达水平不变的看家基因，计算出这组基因平均ratio 值为1 时的标准化系数，然后将其应用于全部的数据以达到标准化的目的 Data Analysis - Reveal the Difference 聚类分析 聚类分析是模式识别中一种非常有吸引力的方法，特别适用于模式分类数不知道的情况。 从机器学习的角度来看，有两种基本的聚类分析： 有教师聚类 无教师聚类 基因表达数据聚类分析一般包括以下几个步骤： （１）确定基因表达的数据 （２）计算相似性矩阵，各个矩阵元素代表两个基因的表达是否相似 （３）选择算法进行聚类分析 （４）显示分析结果。 对数据进行聚类分析之前，必须将包含在基因表达矩阵中的数据进行相似程度分析，并且对分析结果进行量化。 通常情况下，相似往往被赋于一个较大的量化的值，而不相似则由一个较小的量化的值来表示。 在实际计算中，往往以距离代替相似的概念，相似性度量被转化为两个基因表达模式之间的距离。距离越小，表达模式越相近，反之，则表达模式差异大。 两个表达模式之间的关系 (a) 相似 (b) 变化趋势一致 (c) 两个基因的调控结果不一样或甚至相反 聚类分析的目的 可诱导基因是共