芸薹属植物CAL同源基因的分子克隆、序列测定和进化分析.pdfVIP

芸共属植物CAL同源基因的分子克隆、序列测定和进化分析 摘 要 根据拟南芥AtCAL、结球甘蓝BoCAL、花椰菜BobCAL和青花菜BozCAL基因设计 引物，对芸墓属植物抱子甘蓝、羽衣甘蓝和球茎甘蓝的基因组DNA进行PCR扩增，均 得到一段约1.6k6大小的PCR产物，分别命名为BogCAL5,BoaCAL5’和BocCAL5。 对各PCR产物分别进行回收、纯化、载体连接和序列测定及基因结构分析等，结果表 明，该片段在抱子甘蓝、羽衣甘蓝和球茎甘蓝三种作物中的全长分别为 16656p, 1650bp和16506p，包括相应基因的前两个外显子和内含子以及第三个外显子的226p 序列。相应的cDNA序列在上述三种作物中等长，大小为286bp，共编码95个氨基酸， 皆含有相应基因编码的MADS盒和工区。 终研究对相应序列和结构之间进行了广泛的比对，结果如下: 1、对分离到的三个基因片段基因组DNA序列之间进行了比对。结果表明，三者 的第一个内含子序列之间差别较大。相对抱子甘蓝基因组DNA而言，羽衣甘蓝和球茎 甘蓝在序列中发生了多处大量碱基的缺失。但这种差异对它们之间的分类地位没有产 生显著性影响。 2、对分离的三段序列对应的。DNA序列之间进行了同源性比较，结果羽衣甘蓝和 球茎甘蓝之间为97.9%,抱子甘蓝同羽衣甘蓝和球茎甘蓝之间分别为98.9%和98.2%. 发现三者之间碱基序列差异仅仅是发生了碱基替代而不存在碱基的缺失现象，其中 BoacAL5与BocCAL5之间存在6次碱基转换，而BoaCA15’和BogCAL5’之间则存 在2次碱基转换和1次碱基颠换，BocCAL5’和BogCAL5’之间则有3次碱基颠换和2 次碱基转换。 3、对八种植物CAL同源基因的对应序列编码的氨基酸序列进行了比对发现，在 由MADSdomain推测的蛋白区域，它们之间保守性较强，除拟南芥外，其余7种蛋白 序列之间的一致性几乎接近 100%，同其它蛋白相比只有BocCAL5仅有一个氨基酸的 差异;而拟南芥相应的区域相对于其它7种蛋白质的氨基酸序列存在较大的差异，有 4个氨基酸发生了变化。 4、结合8种cDNA序列、相应氨基酸序列之间的差异及它们之间的同源性进化树， 对8种蛋白质二级结构进行了比较，得到以下5点结论:OBocCAL5，和BoaCAL5，的 蛋白质二级结构在 “a、13.turn和。oil”四种结构上均存在较大差异;OBocCAL5 和BogCAL5’之间在蛋白质二级结构水平上在上述四种结构中也都存在不同之处; ③在蛋白质二级结构上，BogCAL5和BoaCAL5之间只有 “turn”结构发生了变化; .BocCAL5’和BoCAL5之间的差异只有一个氨基酸，而在蛋白质二级结构上0折叠 结构则不相同:⑤BogCAL5’与BcpCAL5’之间氨基酸序列和蛋白质二级结构完全相 另外，对8种十字花科植物CAL同源基因中相应cDNA序列进行了同源性比对和 一致性分析，并据此绘制了它们之间的进化树。进化树同植物学分类结果基本一致。 同时，进化树将抱子甘蓝和花椰菜分为一类，而将结球甘蓝和青花菜分为另一类，此 结果同经典形态学分类和以食用器官分类的结论有较大出入。由此推断，形态相似性 与进化关系的远近是两回事，二者之间无必然的联系。 关键词 芸墓属樱酬抱子甘蓝羽衣甘蓝球茎甘蓝 。:同源基因分离 MADS盒基因 进化分析 Cloning,SequencingandEvolutionofCALHomologs inBrassicaSpecies Abstract PrimersweredesignedaccordingtothesequencesofAtCAL,BoCAL,BobCAL andBoiCALgene,andPCRamplificationswereperformedwiththegenomicDNAof BrusselSprouts,KaleandKohlrabirespectively,PCRrfagmentsofabout1.6kbwere obtainedanddesignatedcorrespondinglyasBogCAL5,BoaCAL5andBocCAL5 Reclamation,purificationandlinkageofthemrespect