并行计算技术在子动力学模拟中的研究与应用.pdfVIP

重庆邮电大学硕士论文 摘要 摘要 分子动力学模拟是一种依靠牛顿力学原理来模拟分子体系运动的方 法，主要用以研究分子的特性，这种方法被广泛地应用于计算化学、气候 模拟、材料学、生物化学等研究领域。在分子动力学计算过程中，为了使 模拟计算的结果更加精确，往往会尽可能多的增加模拟体系的粒子个数， 这就使得分子动力学计算相当耗费时间。而传统的串行计算方法并不能在 有效合理的时间内完成计算，从而在一定程度上影响着研究的进展。因此， 近些年来迅速发展的并行计算技术成为解决高性能数据处理需求问题的 有效途径。 本文根据并行计算技术的设计方法，对并行计算技术在分子动力学模 拟系统中的实现进行了研究。论文的核心工作包括以下内容： 首先，考虑软硬件平台和算法的结合，充分利用实验室现有的2台服 务器资源，通过MPICH技术构建了小型对称多处理器共享存储并行机 (SymmetricMultiprocessor)机群，简称SMP机群。 其次，针对传统串行计算方法计算速度缓慢、效率低下的问题，采用 了基于消息传递接口(MessagePassing 实现了在小型SMP机群上的并行； 型的多线程并行。 最后，根据两者的特点，考虑结合MPI和OpenMP混合的并行模型设 计：在节点之间采用MPI进程级并行，节点内部采用OpenMP多线程并行， 并对该并行算法进行了实现及对比测试。实验结果表明，在构建的小型 SMP机群系统中，混合模型的并行效果更好。 关键词：分子动力学模拟，并行计算，SMP机群，MPI，OpenMP Abstract simulation Molecular isakindofmolecular dynamics(MD)simulation totheNewton’S onthesimulationof methodwhichconforms laws，based themolecularcharacteristics． motioninordertocalculate molecular system is usedin simulation， Thismethod chemistry，climate widely computational materials areaandSOon．Inorderto more polymer research，biochemistry get simulation increaseasmuchas thenumber accurate results，usually possible of that isSO andcostmuch large particles，SOcomputation effectivewithinareasonabletimeto traditionalserialmethodisnot complete the ofscientific the the