蛋白质分子结构及折叠的研究.pdf

摘要 本论文主要用粒子群算法对一些简化模型的蛋白质分子进行了结构预测 研究。采用蒙特卡罗方法对一些蛋白质分子的二级结构及小分子蛋白进行了 动力学结构计算。首先对蛋白质分子的结构及氨基酸构成作了简单的介绍， 对蛋白质分子结构及其折叠研究的思路和方法作了综述，展望了其研究前景。 对于粒子群及蒙特卡罗两种算法作了详细的说明。 在蛋白质分子的结构预测中，通过将计算所得结构图与实验测定的分子结 构图进行对比直观地体现计算结果的好坏，以两种结构的RMSD值的大小来说 明计算结构与实验结果的相似程度。本文用两种不同的简化模型及不同的势 函数分别对几种蛋白质分子作了计算，计算所得到的分子结构与相应实验结 构的RMSD值都不太大，说明该算法对势能函数的优化是有效的，但其中的二 级结构部分的预测结果不理想，天然结构中蛋白质分子的口螺旋和∥片状结 构在计算结构中很难得到反映，这也是蛋白质结构预测中较为困难的一个问 题。在相同的模型中，对于同样的势函数发现其中参数的取值对蛋白质的计 算结构有重要影响，同样的参数对不同的分子计算结果差别较大。 用分子力学Charm力场对小分子蛋白脑啡肽及一些二级结构的折叠动 力学进行了蒙特卡罗模拟，模拟结果表现了蛋白质分子折叠的一些基本特征。 关键词：蛋白质折叠，简化模型，势函数，粒子群算法，蒙特卡罗算法 ABSTRACT Inthis is instructure ofsome paper,PSOalgorithmapplied prediction molecule．Besides．MonteCarlomethod tOcalculate simplifiedprotein iSadopted structureofsome molecules．硼1e secondary includesthe protein paper following and structureaminoacidstructureare introduced． contents：first,the protein simply Second,the of structureandits arereviewed．At studyapproach protein folding PSO andMonteCarlomethod at last,the are algorithm length． explained Inthe of structure,the resultsCanbe predictionprotein computational reflected ofthe and measured bycomparingcomputational experimentally their canbe theirRMSDvalues．Inthis str