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蛋白质组学 解决的问题 细胞中蛋 白质的含量 蛋白质活性 蛋白质的修饰 蛋白质之间 的相互关系 蛋白质的定位 实例 植物组织2-DE分析 pH3 pH10 100KD 10KD 物种：水稻 组织名称：根部 制备方法：液氮研磨 + TCA-丙酮沉淀法 上样量：500μg 电泳种类：pH值3-10 NL，13cm，12.5% 染色方法：胶体考马斯亮蓝染色法 IPG ← 常见显色方法比较 显色方法 灵敏度 优点 缺点 考染 200ng 操作简便， 价格低廉， 便于后续鉴定 灵敏性差， 所需上样量大 银染 0.1ng 灵敏性好， 所需样品少 操作复杂， 不利于后续鉴定 荧光法 1ng 线性动态范围大， 定量及定性较好， 便于后续鉴定 仪器及试剂昂贵 消除蛋白质疏水基团之间的相互作用，增强蛋白质在其PI值处的溶解性 兼性离子型去污剂：CHAPS，浓度2-4%；SB3-10 、ASB-14 非离子型去污剂：NP-40 和Triton-X-100 阴离子型去污剂：SDS，浓度低于0.25% （一）离液剂 也称变性剂，主要为尿素和硫脲，破坏蛋白分子间形成的氢键，防止由氢键引起的蛋白质聚集及蛋白迁移中二级结构的形成。 （二）表面去垢剂 DIGE结果 1，表达量一致，绿色荧光与红色荧光重叠后表现为黄色 2. 表达量不同的，仍显示红色和绿色 样品1 样品2 2-DE工作站 图像分析 酶解Digester 点切取 Spot picker 胶hotel 点样Spotter 质谱 2-DE 胶 * 第一篇 分子与细胞生物学基础 第三章 植物蛋白质组学 目录 1. 蛋白质组和蛋白质组学 2. 蛋白质组和基因组 3. 植物蛋白质组的研究方法 3.1 蛋白质双向电泳 3.2 氨基酸序列测定 3.3 质谱 3.4 生物信息学 4. 植物蛋白质组学的研究进展 4.1 植物发育蛋白质组学的研究 4.2 植物环境蛋白质组学的研究 4.3 磷酸化蛋白质组学的研究 5. 植物蛋白质组学研究的前景和挑战 5.1 表达的整体分析以及蛋白质组编目 5.2 大规模的蛋白质功能研究 5.3 建立完整的蛋白质调控网络 1. 蛋白质组和蛋白质组学 蛋白质组：由一个基因组所表达的所有蛋白质。 蛋白质组学：研究在特定时间或环境下某个细胞或某种组织的基因组所表达的全部蛋白质。它不是按照传统的方式孤立地研究某种蛋白质分子的功能,而是应用各种蛋白质组学技术研究某种蛋白质在复杂的细胞环境中的功能。 ? ? 蛋白质组学分为表达蛋白质组学和细胞图谱蛋白质组学。前者利用各种先进技术研究蛋白质表达的整体变化,即研究在机体的生长发育、疾病和死亡的不同阶段中,细胞与组织的蛋白质组分的变化;后者 主要通过分离蛋白质复合物系统地研究蛋白质间的相互作用 2.蛋白质组和基因组 蛋白质组和基因组的关系：它们在概念上有相关性，代表某一蛋白质组的蛋白质是由基因组编码的，而基因的功能是通过蛋白质表现出来的。 蛋白质组学研究远比基因组研究复杂： （1）蛋白质组的复杂性远远高于基因组 一个基因≠一个转录产物≠ 一个蛋白质 基因→不同的转录起始和mRNA的剪切→不同的mRNA →不同的翻译起始→不同的蛋白质→翻译后修饰→蛋白质的功能、稳定性、细胞定位发生变化 （2）基因组的组成是固定的，蛋白质组的组成是动态的。 基因组在所有细胞中几乎都是相同的，与之不同，蛋白质组具有很高的细胞和组织特异性。 基因组是相对稳定的，蛋白质组处于高度动态变化之中。 （3）细胞内蛋白质的拷贝数（108）远比基因拷贝数大（105）。 （4）基因可采用PCR扩增和自动测序，而蛋白质还没有这些技术。