江苏省杂草稻Rc基因的单体型分析.doc

江苏省杂草稻Rc基因的单体型分析 李潇艳　强胜　宋小玲　蔡堃　戴伟民 (南京农业大学生命科学学院杂草研究室,南京２１００９５;通讯联系人,EＧmail:daiweimin４＠njau．edu．cn) HaplotypeAnalysisofRcGeneforWeedyRiceinJiangsuProvince LIXiaoＧyan,QIANGSheng,SONGXiaoＧling,CAIKun,DAIWeiＧmin (WeedResearchLaboratory,CollegeofLifeSciences,NanjingAgricultureUniversity,Nanjing２１００９５,China;Corresponding author,EＧmail:daiweimin４＠njau．edu．cn) LIXiaoyan,QIANGSheng,SONGXiaoling,etal．HaplotypeanalysisofRcgeneforweedyriceinJiangsuProvince． ChinJRiceSci,２０１４,２８(３):３０４Ｇ３１３． Abstract:Rcgene(about６．４kb)of１０weedyricesamplesfrom１０citiesinJiangsuProvincewassequencedand１６６Rc fullＧlengthsequencesofOryzagenusinliteratureswerereviewed．ColinearsequenceanalysisshowedthatRcalleleof Jiangsuweedyricewaswildgenotype．NucleotidepolymorphismandhaplotypeanalysisshowedthatRcnucleotide polymorphism(π＝０．１９)andseparationlociratio(θw＝０．２８)of１０weedyricesamplesinJiangsuProvincewerehigher thanthatof５６weedyricesamplesfromtheUnitedStates(π＝０．０９;θw＝０．０７)．Haplotypenetworkandevolutionary phylogeneticanalysisshowedthatRcgeneofweedyriceinJiangsuwasnotdirectlyderivedfromtherevertantmutation ofwhitecultivar．Inaddition,RcgenesequencesofLudaofromLianyungang,JiangsuandTangdaofromAnhuiwere similartothatofcultivatedrice,whilegeneticallydistantfromweedyricesampleswhichhasbeenleadingtoserious infestationinJiangsuProvince． Keywords:weedyrice;redpericarp;Rcgene;Ludao;Tangdao;haplotypeanalysis;nucleotidepolymorphism 李潇艳,强胜,宋小玲,等．江苏省杂草稻Rc基因的单体型分析．中国水稻科学,２０１４,２８(３):３０４Ｇ３１３． 摘　要:测定了来自江苏省１０个市的杂草稻样品的Rc基因序列(全长６．４kb),并整理现有文献中全球１６６份稻属的Rc基 因序列.序列共线性分析表明,江苏杂草稻Rc基因等位基因类型全部为Rc野生型.核苷酸多态性和单倍型分析表明,１０ 份江苏杂草稻Rc基因的核苷酸多态性(π＝０．１９)和分离位点比率(θw＝０．２８)均高于５６份美国杂草稻(π＝０．０９;θw＝０．０７). 单倍型的进化网络和系统进化树分析表明,江苏杂草稻Rc基因并非直接来源于普通白色栽培稻回复突变.此外,发现连云 港穞稻和安徽塘稻的Rc基因序列与栽培稻相似,而与江苏目前正在发生危害的杂草稻Rc基因距离较远. 关键词:杂草稻;红色果皮;Rc基因;穞稻;塘稻;单倍型分析;核苷酸多态性 中图分类号:Q７５５;S５１１?０５３　　　　　　　　　　　文献标识码:A　　　文章编号:１００１Ｇ７２１６(２０１４)０３Ｇ０３０４Ｇ１０ 　　杂草稻(Oryzasativaf．spontanea)在世界范 围内分布广泛,亚洲、非洲、南北美洲以及大洋洲共 ５０多个国家都有关于杂草稻的报道[１].它们抽穗 早,易落粒,能够在水田中不断自生并自然延续[２], 由于其果皮多为红色或褐色,常被称作“红稻”或“赤 稻”[３Ｇ４].由于它和亚