蛋白质的序列分析及结构预测.ppt

1. 蛋白质序列信息的获取 （1） 直接测序 （2） 翻译编码的DNA序列 ORF Finder （3）在数据库中搜索 运用ID 号、入口号、条目号等搜索。 运用关键词搜索 其他方式搜索。如可以通过引用序列的文献、序列的作者、序列提交的日期等进行搜索。 （1）直接测序 串联质谱及其作用 串联质谱仪的组合方式： (1) 磁分析器-静电分析器-磁分析器(2) 静电分析器-磁分析器-静电分析器(3) 三重四极滤质器质谱仪(4) 混合式串联质谱仪，如MA-ESA-Q-Q。实现串联质谱有空间串联和时间串联两种方式。 优点： 可以避免底物分子产生的干扰，大大降低背景噪音。 其次，可使分子离子通过与反应气的碰撞来产生断裂。 因此能提供更多的结构信息，所以串联质谱特别适合 于复杂组分体系且干扰严重的样品中低含量组分分析测 定，具有比GC-MS和LC-MS等一级质谱更高的选择性和灵 敏度。 Masses of Amino Acid Residues Protein backbone Breaking Protein into Peptides and Peptides into Fragment Ions Proteases, e.g. trypsin（胰蛋白酶）, break protein into peptides. A Tandem Mass Spectrometer（串联式质谱仪） further breaks the peptides down into fragment ions and measures the mass of each piece. Breaking Protein into Peptides and Peptides into Fragment Ions Mass Spectrometer accelerates the fragmented ions; heavier ions accelerate slower than lighter ones. Mass Spectrometer measure mass/charge ratio of an ion. Peptide Fragmentation Peptides tend to fragment along the backbone. Fragments can also loose neutral chemical groups like NH3 and H2O. N- and C-terminal Peptides Terminal peptides and ion types N- and C-terminal Peptides N- and C-terminal Peptides Peptide Fragmentation Mass Spectra The peaks in the mass spectrum: Prefix Fragments with neutral losses (-H2O, -NH3) Noise and missing peaks. Protein Identification with MS/MS Tandem Mass-Spectrometry Breaking Proteins into Peptides Mass Spectrometry 基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪 MALDI-TOF-MS Tandem Mass Spectrometry 多肽片段指纹图谱（PFF） 步骤：用酶专一性酶解蛋白质，经过分离，得到的肽段在质谱中被选择和破碎后得到MS/MS谱图，与数据库中的谱图比较进行鉴定 代表方法： LC-ESI-MS/MS 2D-LC-MS/MS（shotgun） 1. 蛋白质序列信息的获取 （2）翻译编码的DNA序列 e.g.用“ORF Finder”程序找到DNA的开放阅读框。 网址：/gorf/gorf.html 1. 蛋白质序列信息的获取 （3）在数据库中搜索 e.g. PIR-PSD database: /pirwww SWISS-PROT/TrEMBL database /swissprot 目前大部分蛋白质序列是通过DNA 人工翻译过来的, 实际上很少有人能获得真正的蛋白质, 因而实验证据就很难直接获得, 因此对蛋白质序列初始分析是很有价值的。 比如，通过一些序列分析工具进行蛋白质理化特性的预测、修饰位点的预测等。 (1)相似性搜索（或同源搜索） (2) 模体（motif）的搜索 这是另一种序列搜索方法, 其目的是寻找蛋白质中