毕业设计（论文）_基于高重复区域基因序列的无模板拼接算法.docVIP

天津工业大学 毕业论文 姓 名 学 　 院 计算机科学与软件 专 业 软件工程 指导教师陈 职 称 副教授 2013年月日  题目 基于高重复区域基因序列的无模板拼接算法 学生姓名 徐×× 学院名称 计算机科学与软件 专业班级 软件 课题类型 实际课题 课题意义 利用全基因组无模板拼接技术，可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列，从而推进该物种的研究。一个物种基因组序列图谱的完成，意味着这个物种学科和产业的新开端，这也将带动这个物种下游一系列研究的开展。全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台，为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息，为疾病、癌症等的研究提供真实有效的数据。 任务与进度要求 2013.2.20-2013.3.11 选题确认并完成开题报告、任务书的填写、提交、 审核 2013.3.12-2013.3.26 深入了解课题内容、算法分析、确定算法系统框架、熟悉开发工具 2013.3.27-2013.5.3 完成算法的逻辑实现，和算法工具包的开发，完成算法系统的大部分功能，初稿完成 2013.5.4-2013.5.21 进行实验结果整理，并在整理中进一步提高拼接序列的的各项指标，二稿完成 2013.5.22-2013.6.5 毕业论文的审核、修改及定稿并装订 2013.6.6 答辩 主要参考文献 Bresler, M., Sheehan, S., Chan, A.H., and Song, Y.S. Telescoper: De novo Assembly of Highly Repetitive Regions. ECCB12 Special Issue, Bioinformatics[J]. 2012,28 i311-i317 MacCallum,I. et al. ALLPATHS 2: small genomes assembled accurately and with high continuity from short paired reads[J]. Genome Biol. 2009, 10, R103 Simpson,J.T. et al. ABySS: a parallel assembler for short-read sequence data[J]. Genome Res. 2009, 19, 1117–1123 Zerbino,D.R. and Birney,E. Velvet: algorithms for de novo short-read assembly using de Bruijn graphs[J]. Genome Res. 2008, 18, 821–829 Li,R. et al. De novo assembly of human genomes with massively parallel shortread sequencing[J]. Genome Res. 2010, 20, 265–272 起止日期 2013年2月25日至2013年6月 6日 备注 院长 教研室主任 指导教师 毕业论文开题报告表 2013年3月 8日 姓名 徐×× 学院 计算机科学与软件 专业 软件工程 班级 软件×× 题目 基于高重复区域基因序列的无模板拼接算法 指导教师 陈×× 一、与本课题有关的国内外研究情况、课题研究的主要内容、目的和意义： 与本课题有关的国内外研究情况 随着新一代基因组测序技术的推广使用，全基因组Shotgun拼接算法和软件得到了广泛的研究。 新一代的基因测序技术像Illumina，Complete Genomics，Helicos，454 Life Sciences，SOLD and Ion Torrent等，测序得到的DNA序列数据相对于第一代测序方法--Sanger测序表现为：高通量、高覆盖率、低成本，与此同时短读长、更多类型的错误，而且普通高等生物的基因组碱基数目巨大，如人类基因组总长约30亿bp，而按新一代的测序技术，一次实验最多只能直接测得不大于1, 000个碱基，另外高等生物的基因还具有非常复杂的重复结构，因而基因组的无模板拼接有很大难度。这样，绝大多数生物的基因组都不能通过实验手段一次性获得，必须借助计算机技术进行后续拼接。自从2005年以后，出现了多种基于下一代测序平台基因序列的从头拼接算法